Question

学习http://cran.r-project.org/doc/contrib/Krijnen-IntroBioInfStatistics.pdf

这是我的问题，如何从有序的向量中提取名称。书中的问题是要求给出三个基因（来自疾病阶段B1的患者）的基因标识符，其中最大平均值作为输出。

数据集来自包“ALL”

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ALL")

这是我到目前为止所得到的，

library("ALL")
data("ALL")
B1 <- exprs(ALL[,ALL$BT=="B1"])
hist(B1)
mean(B1)
meanB1 <- apply(exprs(ALL[,ALL$BT=="B1"]),1,mean)
omeanB1 <- order((meanB1), decreasing=TRUE)

我想知道是否有一个特殊的功能，我可以从R调用，只提取基因的名称。在“golub”包中，有一个golub.gnames来帮助提取基因名称。

Answer 1

在我看来，你几乎就在那里。收到订单后，您可以将其应用于meanB1：

head(meanB1[omeanB1])
# AFFX-hum_alu_at        31962_at      31957_r_at      40887_g_at      36546_r_at 
#        13.41648        13.16671        13.15995        13.10987        12.94578 
# 1288_s_at 
#  12.80290

要获得前三个基因的名称，您可以这样做：

names(meanB1[omeanB1])[1:3]
# [1] "AFFX-hum_alu_at" "31962_at"        "31957_r_at"

从R中的有序向量中提取名称

1 个答案: