分裂科学名称

Question

科学名称通常由3条信息组成：属，种上皮和作者。一个简单的例子如下：

Acanthus ilicifolius L。

• 属：Acanthus
• 物种上皮：ilicifolious
• 作者：L。

易。然而，当我们必须处理杂交种，亚种/品种/形态，几个作者和其他不一致时，问题变得更加复杂。在这些情况下，物种名称可能如下所示：

比照 Andrographis paniculata （Burm.f.）Wall。前尼斯

• cf。：物种未确定100％确定
• 属：Andrographis
• 物种上皮：paniculata
• 作者:( Burm.f.）Wall。前尼斯

或者这个：

Ipomoea pes-caprae（L.）DC。亚种。 brasiliensis（L.）Ooststr.f

• 属：Ipomea
• 物种上皮：pes-caprae
• 物种作者：（L.）DC。
• 亚种上皮：brasiliensis
• 亚种作者：（L.）Ooststr.f

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我试图找到解构这些名字的可靠方法。如果if / else语句我可以使用吨写一些hackish代码，但我正在寻找更优雅（和健壮）的东西。我想的是某种解析器的名称类似于解析数学表达式的计算器。不幸的是，我不是最复杂的程序员，我之前也没有写过真正的解析器，也不知道在这种情况下它是否有意义，因为科学名称有很多变化。你认为解决这个问题的最佳方法是什么？首选语言是R，如果它更适合任务，也许也是Julia。

Answer 1

你很幸运（有点）。 GBIF有name parser，taxize包与gbif_parse函数挂钩到其API。

library(taxize)
gbif_parse(c('Acanthus ilicifolius L.', 
             'cf. Andrographis paniculata (Burm.f.) Wall. ex Nees', 
             'Ipomoea pes-caprae (L.) DC. subsp. brasiliensis (L.) Ooststr.f'))

#                                                   scientificname       type genusorabove specificepithet authorsparsed    authorship                   canonicalname                canonicalnamewithmarker                                 canonicalnamecomplete bracketauthorship infraspecificepithet  rankmarker
# 1                                        Acanthus ilicifolius L. WELLFORMED     Acanthus     ilicifolius          TRUE            L.            Acanthus ilicifolius                   Acanthus ilicifolius                               Acanthus ilicifolius L.              <NA>                 <NA>       <NA>
# 2            cf. Andrographis paniculata (Burm.f.) Wall. ex Nees   INFORMAL Andrographis      paniculata          TRUE Wall. ex Nees         Andrographis paniculata                Andrographis paniculata      Andrographis paniculata (Burm. f.) Wall. ex Nees          Burm. f.                 <NA>       <NA>
# 3 Ipomoea pes-caprae (L.) DC. subsp. brasiliensis (L.) Ooststr.f    SCINAME      Ipomoea      pes-caprae          TRUE     Ooststr.f Ipomoea pes-caprae brasiliensis Ipomoea pes-caprae subsp. brasiliensis Ipomoea pes-caprae subsp. brasiliensis (L.) Ooststr.f                L.         brasiliensis     subsp.

有关详细信息，请参阅?gbif_parse。您还可以找到GBIF on github。

taxize也可以利用EOL API - 请参阅?gni_parse。