Question

我遇到了一个奇怪的问题，我无法以任何方式解决这个问题，我希望有人能够更好地理解什么是错误的;

我无法使用RWebLogo包 - 因为同样缺少Ghostscript错误，所以运行最简单的示例。

e.g。运行：

library(RWebLogo)
aln <- c('CCAACCCAA', 'CCAACCCTA', 'AAAGCCTGA', 'TGAACCGGA')
weblogo(seqs=aln, file.out='mylogo.pdf')

引发此错误：

Traceback (most recent call last):
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo", line 71, in <module>
    weblogolib._cli.main()
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/_cli.py", line 82, in main
    formatter(data, format, opts.fout)
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 757, in pdf_formatter
    gs = GhostscriptAPI()    
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 196, in __init__
    raise EnvironmentError("Could not find Ghostscript on path."
EnvironmentError: Could not find Ghostscript on path. There should be either a gs executable or a gswin32c.exe on your system's path

我在终端中安装了ghostscript ver 9.15 with configure / make / install，然后将PATH添加到bash配置文件并执行它。当我在终端中运行gs时，它可以工作，确认它已设置为系统路径，但仍然会出现相同的错误。即使重启后也是如此。

我尝试将gs直接添加到R中的环境中：

Sys.setenv(R_GSCMD = "/Applications/ghostscript-9.15/bin/gs")

这也没有帮助...给出完全相同的错误。当我搜索R环境时，它显示gs在那里。

重要版本信息：

MAC: OS Yosemite 10.10.1;
R version 3.1.1 (2014-07-10);
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit); 
RWebLogo_1.0.3

您是否知道可能导致此问题的任何问题？我是编程的新手，所以我担心我可能会遗漏一些基本的东西。我会很感激任何建议。谢谢！

Answer 1

我与RWebLogo的作者Omar取得了联系，他在确定我的问题并解决问题方面非常有帮助。

首先，他建议在终端上的测试序列上运行RWebLogo： /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo -f test_seqs.txt -o~ / Desktop / out.pdf -F pdf

将上面脚本的基本目录（extdata / weblogo之前的所有内容...）更改为以下命令在R中为您提供的任何内容：

system.file(package = 'RWebLogo')

我跑了它并得到了一个新的错误：缺乏numpy。我实际安装了numpy但没有完全的用户权限。重新安装numpy后，RWebLogo已成功从终端运行。

然而，RStudio正在抛出一个GhostScript错误。 Omar建议在Yosemite上运行较旧版本的RStudio存在问题（我目前有10.10.1），并向我发送了一个更新的RStudio版本的链接，其中问题已修复。

http://www.r-bloggers.com/r-and-rstudio-incompatibility-with-yosemite-mac-os-x-10-10/

我得到了更新的RStudio，现在一切都很棒。希望这可以帮助有类似问题的人！

R EnvironmentError：在路径上找不到Ghostscript。 RWebLogo

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