Question

我正在编写一个简单的命令行Rscript，它读取一些二进制数据并将其作为数字字符流输出。数据具有特定的格式，R有一个非常快速的库来处理有问题的二进制文件。文件（700万个字符）可以在不到一秒的时间内快速读取：

library(affyio)
system.time(CEL <- read.celfile("testCEL.CEL"))

user  system elapsed 
0.462   0.035   0.498

我想将一部分读取数据写入stdout：

str(CEL$INTENSITY$MEAN)
num [1:6553600] 6955 225 7173 182 148 ...

正如你可以看到它的数字数据有大约650万个整数。

写作速度非常慢：

system.time(write(CEL$INTENSITY$MEAN, file="TEST.out"))
user  system elapsed 
8.953  10.739  19.694

（这里是对文件进行写入，但是从Rscript到标准输出的操作需要相同的时间＆＃34;

cat(vector)根本没有提高速度。我找到的一个改进是：

system.time(writeLines(as.character(CEL$INTENSITY$MEAN), "TEST.out"))
user  system elapsed 
6.282   0.016   6.298

它与读取数据时的速度相差甚远（并且它读取的数据比这个特定的矢量多5倍）。此外，在进行之前，我有将整个矢量转换为字符的开销。当加入stdout时，我无法使用CTRL + C终止流，如果不小心我无法将其重定向到文件。

所以我的问题是 - 是否有更简单的方法将数字向量从R输出到stdout？

为什么阅读数据的速度比写作快得多？这不仅适用于二进制文件，而且通常是：

system.time(tmp <- scan("TEST.out"))
Read 6553600 items
user  system elapsed 
1.216   0.028   1.245

Answer 1

二进制读取很快。打印到标准输出缓慢有两个原因：

您可以进行基准测试/配置文件。但是如果你真的想要“快速”，那就远离格式化来打印大量数据。

编译代码有助于加快转换速度。但同样，最快的解决方案将是