Question

我目前正在用python编写一个程序而且我被卡住了。所以我的任务是：我有一个程序读取文件并打印一些行到stdout像这样：

#imports
import sys

#number of args
numArgs = len(sys.argv)

#ERROR if not enough args were committed
if numArgs <= 1:
    sys.exit("Not enough arguments!")

#naming input file from args
Input = sys.argv[1]

#opening files
try:
    fastQ = open(Input , 'r')
except IOError, e:
    sys.exit(e)

#parsing through file
while 1:

    #saving the lines
    firstL = fastQ.readline()
    secondL = fastQ.readline()

    #you could maybe skip these  lines to save ram
    fastQ.readline()
    fastQ.readline()

    #make sure that there are no blank lines in the file
    if firstL == "" or  secondL == "":
        break

    #edit the Header to begin with '>'
    firstL = '>' + firstL.replace('@' , '')

    sys.stdout.write(firstL)
    sys.stdout.write(secondL)

#close both files
fastQ.close()

现在我想重写这个程序，以便我可以运行命令行，如：zcat＆＃34; textfile＆＃34; | python＆＃34; myprogram＆＃34; ＆GT; ＆＃34; otherfile＆＃34 ;.所以我环顾四周，找到了子流程，但似乎无法弄清楚如何去做。谢谢你的帮助

编辑：

现在，如果您正在尝试编写Python脚本来编排zcat和myprogram的执行，那么您可能需要子进程。 - rchang

打算使用＆＃34;文本文件＆＃34;和群集上的程序，所以我不需要从群集中复制任何文件。我只想登录群集并使用命令：zcat＆＃34; textfile＆＃34; | python＆＃34; myprogram＆＃34; ＆GT; ＆＃34; otherfile＆＃34;，以便zcat和程序做他们的事情，我最终得到＆＃34; otherfile＆＃34;在群集上。希望你明白我想做什么。

编辑＃2：

我的解决方案

#imports
import sys
import fileinput

# Counter, maybe there is a better way
count = 0

# Iterieration over Input
for line in fileinput.input():

    # Selection of Header
    if count == 0 :

        #Format the Header
        newL = '>' + line.replace('@' , '')

        # Print the Header without newline
        sys.stdout.write(newL)

    # Selection of Sequence
    elif count == 1 :

        # Print the Sequence
        sys.stdout.write(line)

    # Up's the Counter
    count += 1
    count = count % 4

THX

Answer 1

您可以使用fastQ = sys.stdin从stdin而不是文件读取输入，或者（更一般地）fastQ = fileinput.input()从stdin和/或命令行中指定的文件中读取。

还有fileinput.hook_compressed，因此您不需要zcat并直接读取压缩文件：

$ myprogram textfile >otherfile

在python中找出管道

1 个答案: