Question

我使用R运行一些非常密集的C代码（R Wrapper）。因此，我想在群集上运行我的.R文件。我以前使用.pbs文件从集群上的C代码运行可执行文件：

#!/bin/bash
    #PBS -l procs=1
    #PBS -l walltime=240:00:00
    #PBS -N Name
    #PBS -m ea
    #PBS -M name@something.com
    #PBS -l pmem=1000mb
    #PBS -t 1-3
    echo "Starting run at: `date`"
    path/to/myscript
    echo "Job finished with exit code $? at: `date`"

我可以用我的.R文件创建一个可执行文件并像运行我编译的C代码一样运行吗？如何编译我的.R文件？

Answer 1

我想您将在Linux / UNIX操作系统下使用您的脚本。如果是这种情况，请在R脚本中添加#! /usr/bin/env Rscript shebang并使其可执行chmod u+x path/to/myscript。您不需要编译代码。

请注意，您可能需要在PBS脚本中添加module load R之类的内容来加载R环境变量。

在群集上运行R代码

1 个答案: