使用.csv文件过滤.tree数据。

Question

我正在使用一个庞大的.tree文件，我正在寻找一种方法来解析它并根据.csv文件修剪它。我有一个文件，用.csv格式标记根和分支，选择我想要的。请记住，这是一个巨大的.tree，因此iTOL中的交互式视图不起作用，并且大多数GUI都不会起作用，因为树很大。

Answer 1

结帐newick_utils。您可以使用nw_prune修剪不需要的分支，或使用nw_clade提取子树。