R中的常见分散

时间:2015-01-04 01:20:24

标签: r

我尝试使用edge R包来分析我的数据,如下所示

这是我的数据框叫做subdata

                       A                        B                  C                    D              E
1               13707             13866          12193          12671       10178
2                   0                           0              0                       0               1
3                7165                5002           1256           1341        2087
6                8537              16679           9042           9620       19168
10              19438          25234          15563          16419       16582
16                  3                       3                   11                3                  5

genotype=factor(c("LMS1","LRS1","MS3","MS4","RS5"))
y=DGEList(counts=data.matrix(subdata),group=genotype)


design=model.matrix(~0+group,data=subdata)    
y=estimateGLMCommonDisp(y,design, verbose=TRUE)

我尝试计算常见的离散度以估计上调和下调基因,但我得到如下错误信息

Warning message:
In estimateGLMCommonDisp.default(y = y$counts, design = design,  :
  No residual df: setting dispersion to NA

请任何人帮我解决这个问题,我真的很感激

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