我有一些Nifti文件格式的预处理fMRI数据，我想访问与特定大脑区域相关的BOLD值，例如右前岛。我知道有很多函数可以从nifti文件导入数据，但是我想确保BOLD值字面上代表感兴趣区域中的活动，因为我想根据它进行一些分类。
有没有任何好的和有效的方法，最好是一些与SPM相关的功能？
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我不知道一个简单的现有Matlab函数/工具箱可以直接执行您想要的操作，但所有元素都在那里，您应该能够自己编写类似的东西。
图像中的体素属于哪个解剖学大脑区域的信息由所谓的地图集提供，基本上是查找表。一个这样的地图集包含在流行的AAL extension SPM（最高版本8）中。 AAL工具箱的目的是将给定的体素坐标转换为解剖标签 - 这不是您需要的。
然而，这是一个nifti图像＆＃34; ROI_MNI_V4.nii＆＃34;其中包含每个体素中的整数代码，以及随附的文本文件＆＃34; ROI_MNI_V4.txt＆＃34;它在这些整数代码和解剖标签之间进行转换。例如右侧岛屿的代码为3002.因此，您可以在nifti图像中查找包含代码3002的所有体素，并获得一个标记右侧岛叶中所有体素的蒙版。
你必须要注意，为了进行逐个体素匹配，你的数据文件需要具有与图谱图像相同的分辨率和对齐方式。此外，图集校准到MNI标准空间，这意味着您必须将数据标准化为MNI模板，或者更好：将逆归一化变换应用于图集。如果您不知道我在这里谈论的内容，您应该阅读SPM手册中有关空间规范化的部分。另一个问题可能是AAL分割对您来说不够精细;例如， anterior 右脑岛没有特殊代码。但是还有其他的地图集，其中一个可能提供你需要的东西。
如果您开始针对您的问题实施此方法并且遇到问题，请随时发布有关特定问题的其他问题，并通过此处的评论指向我。
答案 1 :(得分：0)
函数spm_regions.m将提取ROI。它直接从预处理的图像中提取数据。但是，它将对输出进行白化和过滤，并且可以针对不感兴趣的回归量（例如，重新排列参数）调整数据。我discuss this here：
但是，如果您需要未经过滤的原始数据，请使用spm_get_data.m