Question

我有一个文件，第一行是几行：

                  bacttaxa LL8388  UL8388  LL8384  LL8381  UL8382  LL8385
13603   Yokenella regensburgei      0   0.000   0.000   0.000   0.000  76.192
15068   Yokenella regensburgei      0   0.000   0.000 399.583   0.000   0.000
11518 Zobellia galactanivorans      0  83.133 200.795  79.862  90.273  29.303
19706 Zobellia galactanivorans      0 327.694   0.000 605.251 214.366 453.391
608      Zunongwangia profunda      0   0.000   0.000   0.000   0.000  96.438
3159     Zunongwangia profunda      0  14.865  23.004  28.628  11.166  53.613

如何根据第一列中的相同值获取其他列的总和，以便获得每种细菌分类的总和？任何的想法？谢谢！

Answer 1

正如评论中所提到的，这是一个“聚合”问题。因此，一个明显的选择是基础R中的aggregate函数：

aggregate(. ~ bacttaxa, x, sum)
#                   bacttaxa LL8388  UL8388  LL8384  LL8381  UL8382  LL8385
# 1   Yokenella regensburgei      0   0.000   0.000 399.583   0.000  76.192
# 2 Zobellia galactanivorans      0 410.827 200.795 685.113 304.639 482.694
# 3    Zunongwangia profunda      0  14.865  23.004  28.628  11.166 150.051

您还可以浏览“data.table”和“dplyr”软件包。

## A data.table approach
library(data.table)
as.data.table(x)[, lapply(.SD, sum), by = bacttaxa]

## A dplyr approach
library(dplyr)
x %>% 
  group_by(bacttaxa) %>%
  summarise_each(funs(sum))

R - 如何根据一列中的值汇总其他列

1 个答案: