校正社区相异度数据集中的空间自相关

时间:2014-12-11 12:47:49

标签: r matrix spatial correlation

我有一个社区装配数据集,在15个地点有299种。我有兴趣纠正空间自相关对β多样性(或物种周转)的影响。 Dataset here.

网站之间的空间距离和社区差异有明显的影响。我有一个完整的壁炉架相关图来显示这种效果,但现在我有点担心如何解释这种影响或纠正β多样性分析。更重要的是,站点之间距离的影响与我的环境影响(precip

相比如何?
#load libraries 
library (vegan)
library (fossil)
#load datasets
spp.list<-read.csv('Spatial Autocorrelation.csv', header=T)
rownames(spp.list)=spp.list$Site
sites.xy= spp.list[,(2:3)]
precip= spp.list[,(4)]
spp.list<-spp.list[,(5:303)]

#check for spatial autocorrelation and environmental correlation using Mantel Test

#build a species dissimilarity matrix 
dist.mat=vegdist (spp.list)

#build a geographic distance matrix for sites
geo.dist.mat=earth.dist(sites.xy)

#build a distance matrix for precip values
precip.dist <-dist (precip)
#identify the correlations between two matrices Matel Correlelogram
correlog<-mantel.correlog( dist.mat, geo.dist.mat, nperm=999 )
summary(correlog)
correlog
plot (correlog)

enter image description here     #partial Mantel测试包括距离和降水差异     图书馆(生态主义者)     natt.pmgram&lt; -pmgram(dist.mat,geo.dist.mat,precip.dist,nperm = 999)     情节(natt.pmgram) enter image description here

我不确定如何解释这些相关图。有没有人有任何建议/解释?这些分析可用于纠正我的数据集中明显的空间自相关问题吗?

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