两个变量在bash中的一个for循环中

Question

我有一个目录，里面有两种文件类型：* .sai和* fastq，我想在一个shell中使用这两个变量进行循环：

for j in *sai *fastq

 do bwa samse $j $j > ${j%.sai}.sam 

done;

在命令do之后我想将相应的* .sai和* .fastq数据加载到程序中（bwa samse）。你能用语法帮我吗？

实施例

一个目录中的

是xx.fast xx.sai yy.fastq yy.sai，程序bwa samse需要一次处理两个相应的文件 - bwa samse xx.fastq xx.sai...

非常感谢任何想法。

Answer 1

尽量不要使用ls来提供循环。使用大括号扩展仅在您的循环中包含*.sai和*.fastq个文件：

for j in ./*.{sai,fastq}
do
    ## do what you need to the *.sai & *.fastq files 
done

您还可以提供路径变量：

mypath=/path/to/files
for j in "${mypath}"/*.{sai,fastq}
(snip)

注意：不清楚bwa samse $j $j > ${j%\.*}.sam的作用。解释你需要如何处理文件，我可以进一步帮助..

如果存在一对一的关系（匹配.sai和.fastq文件），则只需：

for j in ./*.sai
do
    fname="${j%.*}"   # remove the extension ($fname is filename w/o ext)
    ## do what you need to the *.sai & *.fastq files 
    #  bwa samse "${fname}.sai" "${fname}.fastq" whatever else
done

Answer 2

尝试使用bash parameter expansion执行此操作：

for j in .*sai; do  
    [[ -s ${j%.sai}.fastq ]] &&
        bwa samse "$j" "${j%.sai}.fastq" > "${j%.sai}.sam"     
done

并请，通过解析ls输出停止杀死小猫。 （不适合您的不可思议）

Answer 3

使用GNU Parallel看起来像这样：

parallel bwa samse ref.fasta {} {.}.fastq '>' {.}.sam  ::: *.sai   

GNU Parallel是一个通用的并行程序，可以很容易地在同一台机器上或在你有ssh访问权限的多台机器上并行运行作业。它通常可以替换for循环。

如果要在4个CPU上运行32个不同的作业，并行化的直接方法是在每个CPU上运行8个作业：

GNU Parallel会在完成后生成一个新进程 - 保持CPU处于活动状态，从而节省时间：

<强>安装

如果没有为您的发行版打包GNU Parallel，您可以进行个人安装，不需要root访问权限。这可以在10秒内完成：

(wget -O - pi.dk/3 || curl pi.dk/3/ || fetch -o - http://pi.dk/3) | bash

有关其他安装选项，请参阅http://git.savannah.gnu.org/cgit/parallel.git/tree/README

了解详情

查看更多示例：http://www.gnu.org/software/parallel/man.html

观看介绍视频：https://www.youtube.com/playlist?list=PL284C9FF2488BC6D1

完成教程：http://www.gnu.org/software/parallel/parallel_tutorial.html

注册电子邮件列表以获得支持：https://lists.gnu.org/mailman/listinfo/parallel

Answer 4

（编辑以反映评论 - 使用ls列出文件名是不必要的）

要删除文件扩展名，您需要使用${j%\.*}，这将保留最后.之前的所有字符

for j in *.sai *.fastq
do
    bwa samse $j $j > ${j%\.*}.sam 
done;