Question

我开始使用名为Bio3D的R软件包（http://thegrantlab.org/bio3d/index.php）在使用Bio3D＆＃34;蛋白质结构网络的再生实例中遇到了一个问题。教程（http://thegrantlab.org/bio3d/tutorials/protein-structure-networks）。这是我要做的片段：

＆＃34; 下面的代码片段首先设置示例HIVpr启动结构（pdbfile）和轨迹数据（dcdfile）的文件路径，然后读取这些文件（生成对象dcd和pdb）。

dcdfile <- system.file("examples/hivp.dcd", package = "bio3d")    
pdbfile <- system.file("examples/hivp.pdb", package = "bio3d")   

# Read MD data    
dcd <- read.dcd(dcdfile)   
pdb <- read.pdb(pdbfile)   

inds <- atom.select(pdb, resno = c(24:27, 85:90), elety = "CA")    
trj <- fit.xyz(fixed = pdb$xyz, mobile = dcd,    
               fixed.inds = inds$xyz, mobile.inds = inds$xyz)

一旦我们得到叠加的轨迹帧，我们就可以评估各个残差的原子波动（在这个非常简短的例子模拟中）彼此相关的程度，并根据这些数据构建一个网络：

cij <- dccm(trj)    
net <- cna(cij)    
plot(net, pdb)

＆＃34;

直到这一刻，一切都运作良好。

# View the correlations in pymol    
view.dccm(cij, pdb, launch = FALSE)

这里我用pymol打开生成的pdb文件corr.inpcrd。但是，不是漂亮的卡通3D模型，我只看到由点代表的氨基酸残基。尝试用pymol解决问题，使用卡通，色带，颜色，透明度和命令显示的设置，但它没有改变任何东西。非常感谢您的建议！

我没有足够的声誉来说明图像的预期和获得的结果，但如果有必要，我可能会直接发送它们。

谢谢！

Answer 1

尝试在调用view.dccm（）函数时设置launch = TRUE，以便为您加载PDB和pymol脚本。

Answer 2

通常情况下，如果pymol位于可执行文件的路径中，这将有效（请参阅此处：http://tinyurl.com/lzhpz3w了解有关bio3d期望找到pymol和肌肉的更多信息）。

view.dccm(cij, pdb, launch = FALSE)

我自己不使用Windows，但如果您在bio3d bitbucket问题页面https://bitbucket.org/Grantlab/bio3d/issues上发布此问题，您将获得有经验的Windows生物标识用户（包括此功能的作者）的帮助。

R包Bio3D教程再现

2 个答案: