Question

实际问题

R6类继承自（非正式S3）类R6的事实是否允许为该类的签名参数定义S4方法？
因为这是 - AFAICT - 不是这样，什么是符合当前S3 / S4标准的解决方法，或者在某些情况下可能被视为“最佳实践”？

背景和示例

参考类

考虑以下示例，您希望定义在超类上调度Reference Classes的所有实例都从（envRefClass）继承的方法：

TestRefClass <- setRefClass("TestRefClass", fields= list(.x = "numeric"))
setGeneric("foo", signature = "x",
  def = function(x) standardGeneric("foo")
)
setMethod("foo", c(x = "envRefClass"),
  definition = function(x) {
    "I'm the method for `envRefClass`"
})
> try(foo(x = TestRefClass$new()))
[1] "I'm the method for `envRefClass`"

这种继承结构并不直接明显，因为class()不会揭示这一事实：

class(TestRefClass$new())
[1] "TestRefClass"
attr(,"package")
[1] ".GlobalEnv"

但是，查看类生成器对象的属性会显示它：

> attributes(TestRefClass)
[... omitted ...]

 Reference Superclasses:  
    "envRefClass"

[... omitted ...]

这就是调度工作的原因

R6课程

当你想为R6类做类似的事情时，事情似乎并不是直截了当的，即使它们最初是这样的（与参考类相比）：

TestR6 <- R6Class("TestR6", public = list(.x = "numeric"))
setMethod("foo", c(x = "R6"),
  definition = function(x) {
    "I'm the method for `R6`"
})
> try(foo(x = TestR6$new()))
Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘foo’ for signature ‘"TestR6"’

通过“直接显示”，我的意思是class()实际上表明所有R6类都继承自类R6，可以用作方法调度的超类：

class(TestR6$new())
[1] "TestR6" "R6"

R6Class()的帮助页面实际上显示，只要R6，类class = TRUE仅作为非正式的S3类添加。这也是为什么在尝试为这个类定义S4方法时会出现警告的原因。

那么这基本上给我们留下了两个可能的选项/解决方法：

通过R6

setOldClass()

让所有R6类的实例都继承自其他超类，例如.R6

广告1）

setOldClass("R6")
> isClass("R6")
[1] TRUE

当在类表/图形中以S3样式进行黑客攻击时，这是有效的：

dummy <- structure("something", class = "R6")
> foo(dummy)
[1] "I'm the method for `R6`"

但是，实际的R6类实例失败了：

> try(foo(x = TestR6$new()))
Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘foo’ for signature ‘"TestR6"’

Ad 2）

.R6 <- R6Class(".R6")
TestR6_2 <- R6Class("TestR6_2", inherit = .R6, public = list(.x = "numeric"))
setMethod("foo", c(x = ".R6"),
  definition = function(x) {
    "I'm the method for `.R6`"
})
> try(foo(x = TestR6_2$new()))
Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘foo’ for signature ‘"TestR6_2"’

结论

虽然方法1排序在“灰色区域”中运行以使S3和S4稍微兼容，但是方法2似乎是IMO应该工作的完全有效的“纯S4”解决方案。如果R6类的实现与R中的非正式/正式类和方法调度的交互存在不一致，则不会引起我的提问。

Answer 1

由Hadley Wickham提供我发现setOldClass()实际上解决了包含继承结构时的问题：

require("R6")
setOldClass(c("TestR6", "R6"))
TestR6 <- R6Class("TestR6", public = list(.x = "numeric"))
setGeneric("foo", signature = "x",
  def = function(x) standardGeneric("foo")
)
setMethod("foo", c(x = "R6"),
  definition = function(x) {
    "I'm the method for `R6`"
  })
try(foo(x = TestR6$new()))

但是，AFAICT，这意味着对于您的软件包，您需要确保以这种方式调用{em>所有您想要用于其中的R6类的<{1}}工作方法。

可以通过在函数setOldClass()或.onLoad()中捆绑这些调用来完成此操作（请参阅here）：

.onAttach()

这假设您已经定义了三个R6类（.onLoad <- function(libname, pkgname) { setOldClass(c("TestR6_1", "R6")) setOldClass(c("TestR6_2", "R6")) setOldClass(c("TestR6_3", "R6")) }到TestR6_1）

R6类的S4调度行为不一致

实际问题

背景和示例

结论

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