巨大的图形可视化

Question

我有一个文本包含一个超过300万个节点的图表，我需要可视化这个图表，我已经找了一些工具来帮助我可视化这个图表，但他们可以看到多达100K / 1M的节点。 任何人都可以建议一种方法或工具来可视化如此巨大的图形？

Answer 1

您将很难将所有图形可视化为节点链接图。例如Gephi或Cytoscape等工具对您没有帮助。

此外，如果你想象这么大的图表，你最有可能最终得到的东西不是很有见地。

您可以使用其他技术，包括： - 本地探索：如果您需要以交互方式可视化图表中的子图（http://fr.slideshare.net/Linkurious/graph-visualization-options-and-latest-developments） - hive图：如果你需要可视化图形的所有边之间的关系（http://www.hiveplot.net/）

我建议阅读此演示文稿，了解可视化大图的兴趣：http://fr.slideshare.net/mathieu-bastian/visualize-big-graph-data

Answer 2

我们为大小更大的图构建了Graphistry。它可以通过自动在服务器上进行实时布局，分析等操作来处理传统浏览器库无法完成的工作量，并在客户端和服务器上都使用GPU来使事情保持生气。

后端可以处理这些大小，尽管大多数客户端GPU尚未实现。为了使1B图下降到1M节点/边缘级别，我们喜欢与CPU库（如熊猫）结合使用，或者更好地与GPU图形计算库（如cuGraph）结合使用，以算法对图形进行整形（修剪单身，提取刺等）。例如：https://github.com/RAPIDSAcademy/rapidsacademy/blob/master/tutorials/security/tour/Tutorial_2_covid_domains.ipynb。 Python客户端在这里很方便，因为您可以直接在流行的数据科学笔记本环境中使用它：https://github.com/graphistry/pygraphistry。

请注意，尽管Graphistry可以渲染（并使之具有交互性）数百万条边，但在某些时候，像素用光了，传统的图形布局也随之下降。因此，即使我们可以渲染大图，我们仍然发现通过实验找到一个好的布局算法（使用大渲染）很有用，并且仍然可以使用某种形式的简化来获得共享结果，甚至进行更深入的分析。

Answer 3

我意识到这是一个老问题，但是我想指出一个专门设计用于交互式可视化较大图形的应用程序。这是Graphia。免责声明：我参与了此应用程序的开发。 100k节点/ 1m的边缘肯定是更大的一面，并且取决于您的硬件，可能会限制渲染的范围，但是Graphia的效果应比Cytoscape或Gephi更好。