Question

我需要创建一个大小为15的滑动窗口，浏览Fasta文件并将滑动窗口的所有值存储到哈希中。当我尝试打印时，我收到错误

全局符号“$ sequence”需要在./findAllKmers.1.pl第60行显式包名。
执行./findAllKmers.1.pl因编译错误而中止“

#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;

my %windowSeqScores = ();

my $sequenceRef = loadSequence("/scratch/Drosophila/dmel-2L-chromosome-r5.54.fasta");  
my $windowSize = 23;
my $stepSize = 1;
my $maxScore = 0;
my $sequence = @_; 
my $in_file = 'uniqueKmersEndingGG.fasta';

open (my $fh, '>', $in_file) or die "Could not open file 'filename' $!";

for (
    my $windowStart = 0;
    $windowStart <= (length($$sequenceRef) - $windowSize);
    $windowStart += $stepSize
)
{
    my $windowSeq = substr($$sequenceRef, $windowStart, $windowSize);
    sub loadSequence {
        my ($sequenceFile) = @_;
        my $sequence = "";
        my $counter = 0;
        unless (open(FASTA, "<", $sequenceFile)) {
            die $!;
        }

        while (<FASTA>) {
            my $line = $_;
            chomp($line);
            if ($line !~ /^>/) {
                my $sequence = $line;
                if (length($sequence) == 15) {
                $counter = $counter + 1;
                print $_;
            }
        }
        return \$sequence;
    }
}
print $sequence;

Answer 1

我尝试编译代码。我收到了错误＆＃34;在test.pl第44行，在行尾＃34时错过了正确的卷曲或方括号;我刚刚添加了一个紧密的支撑＆＃34;}＆＃34;在最后一行之后编译。

您正在for（）循环中声明一个函数。那个退出了不寻常的。我可以在循环之外做大部分事。

如何创建一个滑动窗口并将滑动窗口的值放入哈希？

1 个答案: