Question

我有一个包含10个不同文件的目录，我需要对所有文件运行相同的命令，但是将结果保存在单独的目录中，这些目录是我输入文件名唯一的结果目录名称。我了解到我的问题类似于Looping through all the inputs and creating distinct output files，因此我尝试了以下代码：

cd /user/test

for i in *.txt
do 
   fastqc $i -o {$i}.out
done

我收到错误：

Specified output directory '{1.txt}.out' does not exist
Specified output directory '{2.txt}.out' does not exist

我想知道可能存在什么问题，因为在创建管道和工作流程时它会有所帮助。谢谢！

Answer 1

您外面有{和}，您需要使用：

cd /user/test    
for i in *.txt; do
   fastqc "$i" -o "${i}.out"
done

或者只是：

for i in *.txt; do
   fastqc "$i" -o "$i.out"
done

由于DOT不被视为变量名称的一部分。

Answer 2

我喜欢使用find，如果您的文件位于嵌套目录中，这将非常有用：

find /user/test -name '*.txt' -exec fastqc "{}" -o "{}.out" \;

对于在/ user / test中找到的所有.txt文件，

find将执行-exec之后指定的命令（搜索是递归的）。

循环遍历目录中的所有输入并使用输入名称创建输出目录

2 个答案: