Question

我是编程新手，希望这只是一个简单的修复。除了我在序列中找到N的数量时，一切正常。这是我正在使用的代码：

from __future__ import division

print "Sequence Information"

f = open('**,fasta','r')

while True:
    seqId = f.readline()

    #Check if there are still lines
    if not seqId: break

    seqId = seqId.strip()[1:]
    seq = f.readline()
    # Find the %GC
    gcPercent = (( seq.count('G') + seq.count('g') + seq.count('c') + seq.count('C') ) / (len( seq )) *100)

    N = (seq.count('N') + 1)

    print "%s\t%d\t%.4f" % (seqId, len( seq ), gcPercent, N)

我一直收到以下错误：

Traceback (most recent call last):
  File "length", line 20, in <module>
    print "%s\t%d\t%.4f" % (seqId, len( seq ), gcPercent, N)
TypeError: not all arguments converted during string formatting

如何制作，以便将N的值添加到第4列？

Answer 1

您向%提供了四个参数，但只有三个格式字段：

print "%s\t%d\t%.4f" % (seqId, len( seq ), gcPercent, N)
#      ^1  ^2  ^3       ^1     ^2          ^3         ^4

Python要求每个参数都有一个格式字段，如下所示：

print "%s\t%d\t%.4f\t%d" % (seqId, len( seq ), gcPercent, N)

当然，现代Python代码应该使用str.format代替：

print "{}\t{}\t{:.4f}\t{}".format(seqId, len(seq), gcPercent, N)

我得到一个TypeError：在字符串格式化过程中并非所有参数都被转换

1 个答案: