Pyplot彩色地图显示不同的结果

Question

使用一些scikit-image代码示例和pyplot玩了一下我在我的图像上发现了不同的结果，这取决于我如何应用我的彩色地图，而且我不知道为什么。< / p>

当我在显示图像时将彩色地图作为插件应用时，一切正常，当我直接对图像进行处理时，它会变成全黑。我感到很困惑，因为我想将这些颜色贴图应用于我想要保存的图像（而不是显示），而且我不知道如何正确地执行此操作。

import matplotlib.pyplot as plt
from skimage import data
from skimage.color import rgb2hed


ihc_rgb = data.immunohistochemistry()
ihc_hed = rgb2hed(ihc_rgb)

fig, axes = plt.subplots(2, 2, figsize=(7, 6))
ax0, ax1, ax2, ax3 = axes.ravel()

ax0.imshow(ihc_hed[:, :, 0], cmap=plt.cm.gray)
ax0.set_title("plugin")

ax1.imshow(plt.cm.gray(ihc_hed[:, :, 0]))
ax1.set_title("direct")

[这有点过了]

Answer 1

ihc_hed[:, :, 0]内的值介于-1.37和-0.99之间。 imshow的默认行为是显示整个值范围。另一方面，plt.cm.gray对值为0到1的图像进行操作。

自动重新缩放可以在第一种情况下保存您，但不会在第二种情况下保存。我建议始终使用具有固定范围的imshow：imshow(image, vmin=0, vmax=1, cmap='gray')

Answer 2

根据您对Stefan van der Walt answer的评论，我得出结论，您不想保存matplotlib数字，而是直接保存图片。 正如Stefan指出的那样，您需要在使用色彩映射之前缩放值。 Matplotlib为此提供了类Normalize：

import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.colors
from skimage import data
from skimage.color import rgb2hed

ihc_rgb = data.immunohistochemistry()
ihc_hed = rgb2hed(ihc_rgb)

fig, axes = plt.subplots(1, 3, figsize=(8, 3))
ax0, ax1, ax2 = axes.ravel()

ax0.imshow(ihc_hed[:, :, 0], cmap=plt.cm.gray)
ax0.set_title("plugin")

ax1.imshow(plt.cm.gray(ihc_hed[:, :, 0]))
ax1.set_title("direct")

norm = matplotlib.colors.Normalize()
gray_image = plt.cm.gray(norm(ihc_hed[:,:,0])) 

ax2.imshow(gray_image)
ax2.set_title("direct with norm")

for a in axes:
    a.xaxis.set_visible(False)
    a.yaxis.set_visible(False)

plt.gcf().tight_layout()
plt.show()