如何在命令行中复制Knit HTML?

时间:2014-12-02 10:10:47

标签: r markdown rstudio knitr r-markdown

我知道这个问题与this类似。但我无法在那里找到解决方案,所以再次在这里发布。

我希望通过点击"编织HTML"得到与我得到完全相同的输出。但是通过一个命令。我尝试使用knit2html,但它与格式混淆,不包括标题,kable不起作用等。

示例:

这是我的test.Rmd文件,

---
title: "test"
output: html_document
---

This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.

When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:

```{r}
library(knitr,quietly=T)
kable(summary(cars))
```

You can also embed plots, for example:

```{r, echo=FALSE}
plot(cars)
```

Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.

输出:

编织HTML

enter image description here

knit2html

enter image description here

1 个答案:

答案 0 :(得分:19)

documentation告诉我们:

  

如果您不使用RStudio,则只需调用rmarkdown::render函数,例如:

rmarkdown::render("input.Rmd")
     

请注意,在使用RStudio中的“Knit”按钮的情况下,基本机制是相同的(RStudio调用引擎盖下的rmarkdown::render功能。)

从本质上讲,rmarkdown::renderknitr::knit2html做了更多的设置,尽管我没有详尽的所有差异列表。

无论如何,最灵活的渲染输出方式是提供自己的样式表,以根据您的意愿格式化输出。

请注意,您需要set up Pandoc manually在命令行上使用rmarkdown::render


那说,这里有两条评论可以改善knitr::knit2hmtl输出,而且在我看来优于使用rmarkdown::render

  • 要包含标题,请使用Markdown标题标记,而不是YAML标记:

    # My title
    
  • 要格式化表格,请不要使用原始kable功能。实际上,使用rmarkdown::render时也是如此:表格单元格的对齐完全关闭。 Rmarkdown显然使用居中作为默认对齐方式,但此选项几乎从不正确。相反,您应该左对齐文本和(通常)右对齐数字。在撰写本文时,Knitr无法自动执行此操作(据我所知),但为您执行此操作包含过滤器相当容易:

    ```{r echo=FALSE}
    library(pander)
    
    # Use this option if you don’t want tables to be split
    panderOptions('table.split.table', Inf)
    
    # Auto-adjust the table column alignment depending on data type.
    alignment = function (...) UseMethod('alignment')
    alignment.default = function (...) 'left'
    alignment.integer = function (...) 'right'
    alignment.numeric = function (...) 'right'
    
    # Enable automatic table reformatting.
    opts_chunk$set(render = function (object, ...) {
        if (is.data.frame(object) ||
            is.matrix(object)) {
            # Replicate pander’s behaviour concerning row names
            rn = rownames(object)
            justify = c(if (is.null(rn) || length(rn) == 0 ||
                            (rn == 1 : nrow(object))) NULL else 'left',
                        sapply(object, alignment))
            pander(object, style = 'rmarkdown', justify = justify)
        }
        else if (isS4(object))
            show(object)
        else
            print(object)
    })
    ```