Question

我遇到的问题与此非常相似：Populating a data frame in R in a loop。我似乎无法在循环中填充矩阵。

myDF <- read.csv('corpusFiltered.txt.gz', header = TRUE, sep = '\t')
phylum = sort(unique(myDF$PHYLUM))
myDF.mean = ddply(myDF, .(ENVIRONMENT, FILENAME, PHYLUM), summarize, MeanX = mean(X, na.rm=TRUE) ) 

df_all = myDF.mean[c(4, 3)] #select only the X and Phylum
c_all = unstack(df_all) #restructure dataframe

columnPhylum1 = matrix(ncol=1, nrow=length(phylum))

GET_X = function(dataset)
{
   for (i in 1:length(phylum))
   {   
      print(phylum[i]) 
      columnPhylum1[i,] <- phylum[i] #this does not populate the matrix. still 'NA'
   }   
}
GET_X(c_all)
print('')
print(columnPhylum1)

这不起作用。输出是：

[1] Actinobacteria
Levels: Actinobacteria Bacteroidetes Chlamydiae Crenarchaeota Deinococcus-Thermus Euryarchaeota Firmicutes Proteobacteria Spirochaetes Tenericutes ***
[1] Bacteroidetes
[1] Chlamydiae
[1] Crenarchaeota
[1] Deinococcus-Thermus
[1] Euryarchaeota
[1] Firmicutes
[1] Proteobacteria
[1] Spirochaetes
[1] Tenericutes
[1] ""
      [,1]
 [1,]   NA  
 [2,]   NA  
 [3,]   NA  
 [4,]   NA  
 [5,]   NA  
 [6,]   NA  
 [7,]   NA  
 [8,]   NA  
 [9,]   NA  
[10,]   NA

***为了简洁起见，我删除了子序列＆＃34; Levels＆＃34;来自除第一个原核生物（Actinobacteria）以外的所有信息。

但是，如果我制作一个人造矩阵......

sig= matrix(ncol=1, nrow=length(phylum))
for (i in 1:length(phylum)){sig[i,]<-i}
print(sig)

这就像一个魅力。

     [,1]
 [1,]    1   
 [2,]    2   
 [3,]    3   
 [4,]    4   
 [5,]    5   
 [6,]    6   
 [7,]    7   
 [8,]    8   
 [9,]    9   
[10,]   10

也许我看不到树林;我检查了明显的事情（例如正确的变量名称），我一直无法找到任何问题。我能看到的唯一区别是top从函数调用循环。我不明白为什么我会从相同的＆＃39;中获得不同的行为。码。非常感谢任何帮助。

Answer 1

我想问题是你试图在一个数字矩阵中复制一个因子变量的值（这就是为什么你的＆＃34; faux＆＃34;矩阵确实有效，因为它插入了数字，而不是因素）。当你试图复制你已经拥有的整个矢量时，我真的不明白你在矩阵中需要它的原因。无论如何，也许这个简单的代码就是你真正想要做的：

vect <- factor(c('foo', 'bar', 'foo'), levels = c('foo', 'bar'))
mat <- as.matrix(vect)
mat

输出：

    [,1] 
[1,] "foo"
[2,] "bar"
[3,] "foo"

编辑：在您的具体情况下，这将转化为：

columnPhylum1 <- as.matrix(phylum)

Answer 2

这可能与您的phyla向量包含因素有关。

尝试将phyla强制转换为字符向量：

char_phyla <- as.character(phyla)

如果可行，您可以在不使用自动分解的情况下读取csv数据：

myDF <- read.csv('corpusFiltered.txt.gz', header=T, sep='\t', stringsAsFactors=F)

R：从循环中填充矩阵

2 个答案: