Question

我有多个文件命名为以下示例：blast_ sample1 _454LargeContigs.fna.fas_vs_ NC_016593 _filter.txt

更换部件是＆＃34;样品＃＆＃34; （样本）和＆＃34; NC _＃＆＃34; （参考），它们是粗体。每个参考文献有35个样本。我编写了以下命令，使用35个样本的数据生成参考NC_016593的图：

filename(n) = sprintf("blast_sample%d_454LargeContigs.fna.fas_vs_NC_016593_filter.txt", n)
plot for [i=01:35] filename(i) using 9:3:($10-$9):($3-$3) with vectors nohead

对于每个参考我想做一个情节，因此为此我想用通配符编写一般命令。有没有办法直接在gnuplot中做到这一点？是否可以仅修改＆＃34; NC _＃＆＃34;部分使用外卡（如shell脚本中的*，类似于NC _ *）？

感谢。

Answer 1

这在gnuplot中不可能直接实现。但是，您可以使用系统调用来获取要绘制的文件列表：

filelist=system("ls *.csv")
plot for [filename in filelist] filename using 1:2

因此，这是一个示例，它为每个样本编号创建一个包含所有引用的图：

do for [i=1:35] { 
    cmd = sprintf("ls blast_sample%d_454LargeContigs.fna.fas_vs_NC_*_filter.txt", i)
    filelist=system(cmd)
    plot for [filename in filelist] filename using ...
}

如果每个参考包含所有样本的一个绘图，如果参考编号不是一个简单的系列，则会变得更加困难。如果您想在一个大图中绘制所有内容，可以使用

ls blast_sample*_454LargeContigs.fna.fas_vs_NC_*_filter.txt

（这是Linux。对于Windows，您需要dir \B ...）

修改这个问题和答案差不多有三年了，在最近的评论出现之前，我没有注意到评论中的其他问题。

不清楚输出名称的含义。文件名？每条曲线的标签？情节标题？

一般来说，你可以做到

set terminal pdfcairo do for [i=1:35] { cmd = sprintf("ls blast_sample%d_454LargeContigs.fna.fas_vs_NC_*_filter.txt", i) filelist=system(cmd) set output sprintf("Sample_%d.pdf", i) title= sprintf("This is the title for plot %d", i) plot for [filename in filelist] filename using ... title sprintf("This data comes from %s", filename) } unset output

任何返回字符串的函数都可用于构建字符串。

虽然样本编号称为数字，但如果您希望使用此编号，则提取参考编号（＆＃34; NC＆＃34;）之后会更加棘手。 Gnuplot有一些rudimentary string functions，可能允许这样做。

如果参考号的长度始终相同，我会substr(filename,strlen(filename)-a,strlen(filename)-b)使用a和b的正确值来提取此号码。

如果没有，我会使用substr从参考编号开始获取字符串（可以计算位置），然后使用{{1}搜索_的第一次出现然后将字符串剪切到此位置。将此任务传递给外部命令行程序可能更容易。 Linux strstrt可以轻松完成工作。

有没有办法在gnuplot中使用通配符？

1 个答案: