Question

我想做的事情似乎超级简单，但我无法解决它，我已经四处寻找类似的问题，但仍然无法解决它...很可能这是一个愚蠢的问题，但在这里它去......

我有一列列出位置，另外两列列出开始和结束，只需检查位置是否在开始和结束定义的范围内，对于每一行......

MWE：

within.range <- function(pos, start, end){
  if (pos>=start & pos<=end){
    return(TRUE)
  } else{
    return(FALSE)
  }
}

my.df <- data.frame(gene=c("A","B","C","D","E"), chr=c(1,2,3,4,5), pos=as.numeric(c(34,23,6,46,765)), start=as.numeric(c(45,15,2,32,765)), end=as.numeric(c(86,38,9,41,767)))
my.df

如何将函数传递给数据框？我最好的尝试是：

apply(my.df[,c("pos","start","end")], 1, within.range, start=my.df$start, end=my.df$end)

但这显然是不正确的...也许有更好的方法可以实现同样的目标......谢谢！

Answer 1

此处不需要apply循环，只需执行

with(my.df, start <= pos & end >= pos)
## [1] FALSE  TRUE  TRUE FALSE  TRUE

如果要将其添加为列，请使用transform

transform(my.df, check.pos = start <= pos & end >= pos)
#   gene chr pos start end check.pos
# 1    A   1  34    45  86     FALSE
# 2    B   2  23    15  38      TRUE
# 3    C   3   6     2   9      TRUE
# 4    D   4  46    32  41     FALSE
# 5    E   5 765   765 767      TRUE

Answer 2

也许这可行：

check.pos<-apply(my.df[,3:5],1,function(vec){vec[1] >= vec[2] & vec[1] <= vec[3]})


> check.pos
[1] FALSE  TRUE  TRUE FALSE  TRUE

Answer 3

易于理解循环：

checkBetween = c（）
  for（i in 1：length（my.df））{
  checkBetween＆lt; - append（checkBetween，within.range（my.df $ pos [i]，my.df $ start [i]，＆gt; my.df $ end [i]））
  }

R：使用多个参数将函数传递给数据帧行，仅使用一些列

3 个答案: