Question

我遇到循环问题。我有一个数据框：

Transcript=c(1,1,1,1,2,2,2,2,2)
Exon=rep(c(1:4,1:5))
S=c("aaa","ttt","ccc","ggg","ata","tat","cgc","gcg","bbb")
E=c("AAA","TTT","CCC","GGG","ATA","TAT","CGC","GCG","BBB")
DF=data.frame(Transcript, Exon, S, E)
DF
s=split( DF , DF$Transcript,)

我希望通过Transcript对数据框进行子集化，并将E列与S一起粘贴，以在每个记录中提供所有可能的组合。例如，对于Transcript 1，我想返回：

AAAAAA，AAAttt，AAAccc，AAAggg，TTTaaa，TTTTTT，TTTccc，TTTggg，CCCaaa，CCCttt，CCCCCC，CCCGGG，GGGaaa，GGGttt，GGGCCC，GGGGGG。

我尝试了以下循环，但它只返回AAAaaa AAAttt AAAccc AAAggg：

for(i in 1:nrow(s[[1]])){p=paste(s[[1]][1,4],s[[1]][1:i,3],sep="")}

如何创建此循环？

Answer 1

这样的事可能有用：

lapply(s, function(df) apply(expand.grid(df$E, df$S),1,paste0,collapse=""))

或者，正如@akrun所提议的那样，

lapply(s, function(df) do.call(paste0, expand.grid(df$E, df$S)))

Answer 2

您可以尝试data.table

library(data.table)
setDT(DF)[,Reduce(paste0,CJ(E, S)), by=Transcript]

数据

DF <- data.frame(Transcript, Exon, S, E)

创建一个循环和粘贴

2 个答案:

数据