Question

我试图使用这个脚本（vcf-consensus）和一个简单的例子，但我有一个错误：序列＆＃34; 7＆＃34;在fasta文件中找不到。

语法是：

Usage: cat ref.fa | vcf-consensus [OPTIONS] in.vcf.gz > out.fa

我的FASTA文件是：

TGGCTGGAACGGGACCTCACATTCTGTATTTGTCCCGATTGGCTAGCAACTTAGAACTTT

我的VCF文件是：

##fileformat=VCFv4.1
#CHROM  POS ID  REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  SAMPLE
7   1   .   T   A   .   .   .   GT  0/1
7   2   .   G   A   .   .   .   GT  0/1
7   3   .   G   A   .   .   .   GT  0/1
7   4   .   C   A   .   .   .   GT  0/1

我通过bgzip压缩并通过tabix VCF文件索引：

bgzip vcfFile.vcf
tabix -p vcfFile.vcf.gz

然后，我执行：

cat fastaFile.fa | vcf-consensus vcfFile.vcf.gz > out.fa

我收到此错误：序列＆＃34; 7＆＃34;在fasta文件中找不到。

有人知道吗？

感谢。

Answer 1

你的VCF只包含染色体＆＃39; 7＆＃39;在第1栏。

但你的fasta标题是

>gi|157696558|ref|NW_001838997.1| Homo sapiens chromosome 7 genomic scaffold, alternate assembly HuRef SCAF_1103279187418, whole genome shotgun sequence

如果您的fasta标题只是：

，

tabix就可以了

>7

错误vcf-consensus脚本

1 个答案: