R包无标记gdistsamp distsamp pcount

时间:2014-11-16 17:15:29

标签: r unmarked-package

我对R来说比较新。我在一个赛季中重复进行了10分钟的点数。我有50个站点(半径100米)在3次调查中复制,并且每个单独的观察(n = 1108)以离散的距离间隔记录(即,每次调查期间每个站点的观察数量并不总是相等)。每个站点测量一次栖息地变量(n = 50),并在每次调查中测量每个站点的检测协变量(n = 150)。

我希望测试各种栖息地指标对鸣禽丰度/密度的影响,包括我的模型中的检测协变量,并考虑我的设计中的重复测量。我认为'distsamp'最适合这个,但我不确定(特别是在如何处理重复措施时)。

我跟随钱德勒的'未标记的距离采样分析(2011)',一切似乎都有效,直到我添加检测协变量(使用distsamp;在添加丰度/密度栖息地预测值之前),当运行我的模型时产生警告:在lambda * A中:较长的对象长度不是较短对象长度的倍数“。

(a)我是否使用了适当的拟合函数(即distsamp与gdistsamp对比pcount对???) (b)为什么我收到此警告信息?

这是我的代码:

dists <-read.csv("file/path.csv")

变量子集(用作检测协变量)

jdate<-(dists$day.julian)
daytime<-(dists$time.hour.num)

head(dists, 1108) 

'point'包含字符+数字站点名称(例如,'sweco03')

levels(dists$point) <- c(levels(dists$point), "sweco03") 
levels(dists$point) 

以10米距离间隔记录个体观察至100米

umf <-unmarkedFrameDS(y = as.matrix(yDat), survey = "point", dist.breaks =   c(0,10,20,30,40,50,60,70,80,90,100), unitsIn = "m")

summary(umf)

确定最佳检测功能

`hn_Null <- distsamp (~1 ~1, umf, keyfun = "halfnorm", output = "density", unitsOut = "ha") 
haz_Null <-distsamp (~1 ~1, umf, keyfun = "hazard")                #lowest AIC 
uni_Null <- distsamp (~1 ~1, umf, keyfun = "uniform") 
exp_Null <- distsamp (~1 ~1, umf, keyfun = "exp") `

测试检测协变量的拟合

model1 <-distsamp (~1 ~jdate, umf, keyfun = "hazard")
model2 <-distsamp (~1 ~daytime, umf, keyfun = "hazard")

等。当我尝试运行这些模型时,会收到警告消息。

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