Question

我对这个问题感到非常困惑。我试图通过命令行在Ubuntu 12.04 LTS中执行一个文件。我有一个脚本调用程序运行并将结果写入硬盘驱动器。我将所有权限和所有权更改为wxr。这是我的脚本的ls -l（称为TEST-star）：

-rwxrwxrwx 1 root  root       950 Nov 15 13:16 TEST-star

这是我的脚本调用的包的ls -l：

-rwxrwxrwx 1 root  root  1931414 Nov 10 12:37 STAR

最后安装在/ media / CLC“

中的硬盘驱动器的ls -l

drwxrwxrwx  1 root root    8192 Nov 15 13:04 CLC

我从昨天开始尝试运行它，并且始终收到一条消息，表示我无权写入结果：

EXITING because of FATAL ERROR: could not create output file ./_STARtmp//Unmapped.out.mate1.thread14
Solution: check that you have permission to write this file

我想如果我将权限更改为rwx并以root身份运行我的脚本就不会有问题（使用sudo）。现在我用完了选项。任何建议将不胜感激。请告诉我您需要解决此问题的其他信息。谢谢。这是我尝试运行的第一行脚本：

#!/bin/sh
cd /media/CLC/ANOPHELES-STAR-v2.4f1/; mkdir GambFemAnt1 && cd GambFemAnt1;  echo $PWD && echo Starting mapping of GambFemAnt1; /home/aedes/Documents/STAR_2.4.0f1/STAR --genomeDir /media/Galaxy/Galaxy_data/Anopheles/STAR/Genome --readFilesIn /media/Galaxy/Galaxy_data/Anopheles/QC/GambFemAnt1/GambFemAnt1.fastq --runThreadN 23 --outFilterMismatchNmax 4 --outFilterMatchNminOverLread 0.75 --seedSearchLmax 30 --seedSearchStartLmax 30 --seedPerReadNmax 100000 --seedPerWindowNmax 100 --alignTranscriptsPerReadNmax 100000 --alignTranscriptsPerWindowNmax 10000 --outSAMstrandField intronMotif --outFilterIntronMotifs RemoveNoncanonical --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --outReadsUnmapped Fastx; mv Aligned.sortedByCoord.out.bam GambFemAnt1.bam; mv Unmapped.out.mate1 GambFemAnt1-unmapped.fastq; cp *.fastq /media/CLC/ANOPHELES-STAR-v2.4f1/UNMAPED-reads/; cd /media/CLC/ANOPHELES-STAR-v2.4f1 && echo $PWD && echo GambFemAnt1 mapping finished;

我还为该软件包的作者发布了一个问题。

Answer 1

原来正确设置了所有权限。问题在包内重新出现。我发现它可以使用--runThreadN 12代替--runThreadN 23.

无法在用户拥有的硬盘上写入并具有写入，读取和执行权限

1 个答案: