Question

我是ITK的新手，我正在尝试使用ITK读取tif文件并访问其像素。以下是我为此目的编写的代码：

    typedef float PixelType;   // Pixel type
    const unsigned char Dimension = 2;
    typedef itk::Image< PixelType, Dimension > ImageType; 
    ImageType::Pointer image;

    typedef itk::ImageFileReader< ImageType > ReaderType;
    ReaderType::Pointer reader;
    reader = ReaderType::New();

    const char * filename = "test.tif";
    reader->SetImageIO(itk::TIFFImageIO::New());
    reader->SetFileName(filename);

    try
    {
        reader->Update();
    }
    catch (itk::ExceptionObject & excp)
    {
        std::cerr << excp << std::endl;
    }

    // Access to a pixel
    ImageType::IndexType pixelIndex;
    pixelIndex[0] = 103;
    pixelIndex[1] = 178;
    ImageType::PixelType pixelValue = image->GetPixel(pixelIndex);
    std::cout << "pixel : " << pixelValue << std::endl;

我得到的像素值与正确的值不匹配！我用MATLAB来检查我的测试图像。这是它的尺寸：＆lt; 298x237x4 uint8＆gt;。

我尝试使用MATLAB将图像（：，：，1）（即＆lt; 298x237 uint8＆gt;）存储为新的tif图像，然后将此图像作为输入图像传递给上面的程序。它正在工作，我得到了我预期的正确像素值！

我知道问题是什么，但我不知道如何解决它。我不知道如何修改我的程序以提取＆lt; 298x237 uint8＆gt;图像超出＆lt; 298x237x4 uint8＆gt;输入图像。

更新

以下是我从tiffinfo获取的信息： enter image description here

Answer 1

您的文件包含RGBA的像素，但您正在将它们读取为只有浮动的图像。

快速解决方案是只更改此typedef：

typedef float PixelType;   // Pixel type

为：

typedef itk::RGBAPixel<float> PixelType;   // Pixel type

使用ITK指定ImageFileReader时，您要指定所需的类型作为输出。 ITK将隐式执行转换为您请求的类型。在您的情况下，您要求从RGBA转换为浮动。

通过直接构建ImageIO，您可以从文件中获取像素类型信息。以下是Wiki Examples：

的示例

  std::string inputFilename = argv[1];

  typedef itk::ImageIOBase::IOComponentType ScalarPixelType;

  itk::ImageIOBase::Pointer imageIO =
        itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(
            inputFilename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);

  imageIO->SetFileName(inputFilename);
  imageIO->ReadImageInformation();
  const ScalarPixelType pixelType = imageIO->GetComponentType();
  std::cout << "Pixel Type is " << imageIO->GetComponentTypeAsString(pixelType) // 'double'
            << std::endl;
  const size_t numDimensions =  imageIO->GetNumberOfDimensions();
  std::cout << "numDimensions: " << numDimensions << std::endl; // '2'

  std::cout << "component size: " << imageIO->GetComponentSize() << std::endl; // '8'
  std::cout << "pixel type (string): " << imageIO->GetPixelTypeAsString(imageIO->GetPixelType()) << std::endl; // 'vector'
  std::cout << "pixel type: " << imageIO->GetPixelType() << std::endl; // '5'

  /*
  switch (pixelType)
  {
    case itk::ImageIOBase::COVARIANTVECTOR:
      typedef itk::Image<unsigned char, 2> ImageType;
      ImageType::Pointer image = ImageType::New();
      ReadFile<ImageType>(inputFilename, image);
      break;

      typedef itk::Image<unsigned char, 2> ImageType;
      ImageType::Pointer image = ImageType::New();
      ReadFile<ImageType>(inputFilename, image);
      break;

    default:
      std::cerr << "Pixel Type ("
                << imageIO->GetComponentTypeAsString(pixelType)
                << ") not supported. Exiting." << std::endl;
      return -1;
  }
  */

我还参与了SimpleITK项目，该项目为ITK提供了简化的层，专为快速原型设计和交互式计算而设计，例如脚本语言。它添加了一个自动将图像加载到正确类型的图层。如果你来自Matlab，这可能是一个更容易的过渡。

使用ITK访问tif图像的像素值

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