在Yosemite OSX中使用带foreach和doMC的随机森林的问题

Question

自从我2012年末mac mini更新到Yosemite OSX以来，所有使用foreach和doMC进行并行计算的脚本都抛出了以下错误：

The process has forked and you cannot use this CoreFoundation functionality safely. You MUST exec().
Break on __THE_PROCESS_HAS_FORKED_AND_YOU_CANNOT_USE_THIS_COREFOUNDATION_FUNCTIONALITY___YOU_MUST_EXEC__() to debug.

计算完成，但除了控制台中的错误输出外，我还剩下8个打开的僵尸节点。当执行多个并行脚本时，这会导致系统充斥着这些僵尸节点，这些节点会在后台烧毁CPU和RAM，从而迅速搞砸整个过程：

由于问题是系统相关的，我不确定我是否可以提供一个在您的计算机上也会失败的最小示例，但以下脚本会重现我的错误。

install.packages(c('foreach', 'doMC', 'bigrf'))
library(bigrf)
data(Cars93, package="MASS")
x <- Cars93
y <- Cars93$Type
vars <- c(4:22)
forest <- bigrfc(x, y, ntree=30L, varselect=vars, cachepath=NULL)

其他Yosemite用户遇到过这种情况吗？任何人都知道这里可能会发生什么？我绝对需要解决这个问题，并且宁愿不必擦除硬盘并重新安装OSX Mavericks。

干杯，

亚伦

Answer 1

@SteveWeston回答，上面：

最简单的方法是在终端窗口中使用R CMD BATCH script.R或Rscript script.R运行脚本文件。例如，将以下示例保存为test_case.R

library(bigrf)
library(doMC)
data(Cars93, package="MASS")
registerDoMC(detectCores())
x <- Cars93
y <- Cars93$Type
vars <- c(4:22)
forest <- bigrfc(x, y, ntree=30L, varselect=vars, cachepath=NULL)
preds <- predict(forest, x)
print(preds)

通过更改为该驱动器并运行Rscript test_case.R，从您将其保存在计算机上的任何位置运行此文件。完美无瑕的执行，没有僵尸节点。我想知道为什么问题出现在GUI中？

谢谢你，史蒂夫！

干杯，

亚伦