发布/部署ClickOnce应用程序时，签名过程中究竟发生了什么？它只是签名的清单文件吗？或者是否需要对构建中生成的所有dll进行签名？或两者兼而有之？
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应用程序（可执行文件）和清单都需要签名。在发布期间签名的内容取决于您的配置。
如果选中Visual Studio中的“签署ClickOnce清单”复选框，则只有清单会被签名，而不是应用程序exe。
因为清单包含exe的签名，所以首先要签署exe，然后是清单。这将确保清单包含已签名的exe。要以正确的顺序签署清单和可执行文件，有一篇非常好的博客文章http://robindotnet.wordpress.com/2013/02/24/windows-8-and-clickonce-the-definitive-answer-2/