Question

我有一个类似于以下内容的data.frame：

Species<-c("a","b","c","d")
Samples<-c(1,2,3,4,5,6)

species<-sample(Species,20,replace=TRUE)

samples=sample(Samples,20,replace=TRUE)

df <- data.frame(samples,species)

我希望在data.frame中对其进行转换，其中每个物种将显示为一列，每个样本将占据一条线。值（0和1）表示存在和不存在。我原来的data.frame约有。 600k行，60k样本和20个变量（种类）。

Answer 1

这个怎么样：

> reshape2::dcast(df,formula = samples ~ species)

      samples a b c d
    1       1 0 0 1 3
    2       2 0 3 1 0
    3       3 2 1 0 1
    4       4 0 1 0 1
    5       5 1 1 2 1
    6       6 0 0 0 1

Answer 2

正如Ananda在评论中已经提到的那样，您可以使用table，例如：

as.data.frame(with(df, table(samples, species)) > 0L) +0L
#  a b c d
#1 1 0 1 1
#2 1 1 0 1
#3 1 0 1 0
#4 1 1 1 1
#5 1 0 0 1
#6 0 1 1 0

我在这里使用的数据是：

Species <- c("a","b","c","d")
Samples <- 1:6
set.seed(99)
df <- data.frame(samples = sample(Samples, 20, replace=TRUE), 
                 species = sample(Species, 20, replace=TRUE))

R - 创建存在/不存在df

2 个答案: