Question

我正在尝试将RNetLogo与R一起使用并获得以下错误。

nl.path <- "/Applications/NetLogo 5.1.0"
NLStart(nl.path) 
Error in .jnew("nlcon/Preprocess") : 
  java.lang.UnsupportedClassVersionError: nlcon/Preprocess : Unsupported major.minor version 51.0

根据我在this other question中的理解，问题是R使用的旧版Java与RNetLogo不兼容。

我安装了Java 8.0，希望能解决这个问题，但我的理解是，尽管我的计算机上安装了Java 8.0（Mac OS Maverick），但R不会接受它并继续尝试使用旧版本的Java。

所以我的问题是：如何让R使用Java 8.0而不是任何旧版本？

在终端控制台中，我得到了

java -version :
java version "1.6.0_65"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_65-b14-462-11M4609)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 20.65-b04-462, mixed mode)

先谢谢你的帮助，

Answer 1

在Mac OS X上似乎可以同时拥有多个Java。

在终端上使用以下命令检查您拥有的JDK版本数量。

/ usr / libexec / java_home -V

您可以按照以下说明进行正确的Java路径设置：

How To Set $JAVA_HOME Environment Variable On Mac OS X

简而言之：

导出JAVA_HOME = $（/ usr / libexec / java_home -v 1.8）

Answer 2

不幸的是，这些似乎都没有在Mac上提供帮助。 Windows和Linux解决方案不相关，因为文件位于不同的位置。

如果您只是按照Java首选项痛苦的提示以标准方式更新到Java 1.8（Java 8 for Oracle），那么您只需获得Java运行时环境（JRE）。如果你跑...

/ usr / libexec / java_home -V

...它仍然只显示java 1.6和...

导出JAVA_HOME = $（/ usr / libexec / java_home -v 1.8）

...抛出错误，说它无法找到1.8版本。

为了让Mac能够识别更新版本的Java，似乎必须安装JDK v.8（而不是JRE）。此时，您可以让Mac识别出新的Java虚拟机可用，并且您可以成功执行导出命令。（请注意，新的1.8 JVM位于不同的位置 - / Library / Java而不是/ System / Library / Java for 1.6。）。但是，这对R来说仍然没有好处。

我已经尝试将导出JAVA_HOME ...命令放入我的.profile和我的.bash_profile。然后采购两者。工作正常，但对R AFAICT没有影响。我通过标准的Mac R GUI，RStudio和终端发布了R，它只识别Java 1.6。所以RNetLogo仍然不起作用。

我将尝试在存档中找到RNetLogo 1.0-0并进行测试。如果它有效，我建议回滚1.0-1直到解决这个Java问题。

Answer 3

我在windows上使用这一行：

options(java.home="C:/Program Files/Java/jre7/")

您可能需要更改7为8并在Mac上找到正确的路径。

Answer 4

这应该是有效的（最初来自这个blog条目）：

1）下载并安装Apple的Java版本1.6。

2）使用sudo R CMD javareconf -n重新配置Java安装。

3）使用：rJava从源代码重新安装install.packages('rJava', type='source')。

请在conjugateprior.org感谢Will Lowe的原始帖子和解决方案。

Answer 5

编辑：我不知道是否有人仍在努力解决这个问题，但是对于rJava 0.9-9，“部分修复”＆＃39;下面不再有效。的工作原理完全是此处提供的最终解决方案：https://github.com/s-u/rJava/issues/86

从那里复制，非常感谢Gregory R. Warnes：

通过在终端中运行以下内容来卸载现有的rJava版本：

Rscript -e 'remove.packages("rJava")'
sudo Rscript -e 'remove.packages("rJava")'

将以下内容添加到/Users/<userid>/.bashrc：

export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 1.8)/jre'

（例如，在终端中输入> vim /Users/<userid>/.bashrc，然后＆＃39; i＆＃39;，添加上面的行，然后＆＃39;：wq＆＃39;保存并退出）

关闭并重新启动所有Terminal，R和RStudio窗口

在终端窗口中输入以下内容：

sudo ln -sf $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

在新的R会话中，从源代码重新安装rJava：

install.packages("rJava", repos="http://rforge.net", type="source")

OLD＆＃39; PARTIAL FIX＆＃39; BELOW：

好。我整个上午都在研究这个问题，而且我有一个部分修复。

我尝试了上面的Guilherme Kenji Chihaya建议的解决方案，但即使在sudo R CMD javareconf -n和install.packages('rJava', type='source')之后，R也坚持使用Java 1.6（并且很乐意这样做）。

但是，R studio在重新安装rJava后抛出错误：

库（rJava）错误：.onLoad在loadNamespace（）中失败，对于＆＃39; rJava＆＃39;，详情： call：dyn.load（file，DLLpath = DLLpath，...）错误：无法加载共享对象＆＃39; /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so'： dlopen（/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so,6）：未加载库：@ rpath / libjvm.dylib 参考自：/ Library / Frameworks / R.framework / Version /3.2 / Resss / library / rJava / libs / rJava.so 原因：找不到图像错误：'rJava'
的包或命名空间加载失败

通过Google搜索引导我访问此帖子：http://andrewgoldstone.com/blog/2015/02/03/rjava/，并提供有效的解决方案。在终端中设置以下内容：

alias r="DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_11.jdk/Contents/Home/jre/lib/server/: open -a r"

从终端开始R.然后，神奇地，在R：

> library(rJava)
> .jinit()
> .jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "java.runtime.version")
[1] "1.8.0_11-b12"

但是，这仅在从终端启动R时有效。我还没有能够让R自动识别出正确的＆＃34; DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH＆＃34;无论如何。

Answer 6

尝试将libjvm.dylib链接到/ usr / lib：

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/lib

添加了

-f标志以强制覆盖现有文件/链接

Answer 7

在Ubuntu中有一个命令alternatives，我将它用于此目的。

alternatives --install /usr/bin/java java /usr/java/jdk1.8*/jre/bin/java 200000
alternatives --install /usr/bin/javaws javaws /usr/java/jdk1.8*/jre/bin/javaws 200000
alternatives --install /usr/bin/javac javac /usr/java/jdk1.8*/bin/javac 200000
alternatives --install /usr/bin/jar jar /usr/java/jdk1.8*/bin/jar 200000

安装替代品后，使用以下命令更改您的版本。 alternatives --config java然后选择你的新java。

如果没有，你应该首先找出你的新java究竟在哪里。 locate *jdk1.8* 然后找出你以二进制形式运行的java。 which java这将返回二进制路径。这是旧的java二进制文件，所以删除它并在同一个地方链接新的java二进制文件。例如：ln -s /path/to/java1.8*/bin/java /usr/bin/java

此外，您还需要更新VM所需的CLASS_PATH环境变量。

例如： export CLASS_PATH=/usr/java/jdk1.8*/jre/lib您可以在bashrc文件中添加此行以注册此配置。

Answer 8

在基于Debian的安装中，R使用/etc/R/Makeconf设置来构建库。其中一个设置是JAVA_HOME。尝试在那里设置正确的路径并重新安装包。

让R使用更新版本的java

8 个答案: