Question

我想修改phyloseq包生成的图（从github下载）。 Phyloseq图是ggplot2对象，所以我认为我可以通过将ggplot2对象添加到phyloseq创建的对象来添加元素。在某些情况下，这可行，但在其他情况下则不然，我不明白为什么。例如：

require(phyloseq)
require(grid)
require(ggplot2)
require(plyr)
#use the GlobalPatterns dataset from the Phyloseq package
GP <- GlobalPatterns
#do some preprocessing to the data
wh0 <- genefilter_sample(GP, filterfun_sample(function(x) x > 5), A = 0.5 * nsamples(GP))
GP1 <- prune_taxa(wh0, GP)
GP1 <- transform_sample_counts(GP1, function(x) 1e+06 * x/sum(x))
phylum.sum = tapply(taxa_sums(GP1), tax_table(GP1)[, "Phylum"], sum, na.rm = TRUE)
top5phyla = names(sort(phylum.sum, TRUE))[1:5]
GP1 <- prune_taxa((tax_table(GP1)[, "Phylum"] %in% top5phyla), GP1)
#ordination for NMDS plot using a Bray-Curtis distance
GP.ord <- ordinate(GP1, "NMDS", "bray") 
#create plot
p3 <- plot_ordination(GP1, GP.ord, type = "biplot", color = "SampleType", shape = "Phylum", title = "biplot")

现在我将尝试从素食包中添加一些envfit（）箭头，参见上一个问题here：

require(vegan)    
# First, lets apply envfit to the human/not human variable
    human = get_variable(GP1, "SampleType") %in% c("Feces", "Mock", "Skin", "Tongue")
    sample_data(GP1)$human <- factor(human)

    nmds.envfit <- envfit(GP.ord$points, env = as.data.frame(sample_data(GP1)$human), perm = 999) #standard envfit
    str(nmds.envfit)

    #data for the envfit arrows
    vec.sp.df<-as.data.frame(cbind((nmds.envfit$factors$centroids*sqrt(nmds.envfit$factors$r)),pvals=nmds.envfit$factors$pvals)) #this is necessary, see Gavin Simpson in the link provided above
    env.scores.nmds <- as.data.frame(vec.sp.df[vec.sp.df$pvals<0.05,]) #extracts relevant scores from envifit
    #extracts relevant scores from envifit
    env.scores.nmds <- cbind(env.scores.nmds, env.variables = c("Not Human", "Human")) #and then gives them their names
    env.scores.nmds

mult<- 1  #can change this if the arrows need to be a different length
###Now let us add these vectors to p3
p3 + geom_segment(data = env.scores.nmds,
                   aes(x = 0, xend = mult*MDS1, y = 0, yend = mult*MDS2),
                   arrow = arrow(length = unit(0.75, "cm")), colour = "black") + #arrows for envfit.  doubled the length for similarity to the plot() function. NB check ?envfit regarding arrow length if not familiar with lengths
      geom_text(data = env.scores.nmds,   #labels the environmental variable arrows * "mult" as for the arrows
                aes(x = mult*MDS1, y = mult*MDS2, label=env.variables),
                size = 6,
                hjust = -0.5)

但是，这会返回错误： “eval中的错误（expr，envir，enclos）：找不到对象'id.type'”

如果我们尝试添加另一种类型的ggplot2元素，它将起作用：

p3+ geom_hline(yintercept=0.75)

Answer 1

错误消息已经让您知道在添加的图层中需要修复的内容。

要修改的ggplot2对象在p3$data或其中一个图层的$data插槽中有一个列变量id.type，这是一个美学映射参数如果您没有覆盖它，则会隐式传递给您的新图层。鉴于您添加的图层在两种情况下都指定了x和y，我怀疑inherit.aes=FALSE是一个分面或颜色变量。在ggplot2的最新版本中，您可以包含参数id.type，以避免这种继承的映射，在这种情况下，您将缺少未指定的映射。结果是不同的取决于它是什么（例如，如果facet，然后层，在我看来两个面板中出现;如果是颜色，那么图层将被指定为默认颜色。）

或者，您可以为新图层的数据添加{{1}}列。这取决于你想要达到的结果。

Phyloseq ggplot2对象不允许添加某些元素

1 个答案: