使用linux命令修改列中的文本

Question

我有一个带有列的制表符分隔文件，如下所示。

 chr1    899766  899766  G   T   exonic;exonic   KLHL17  .   nonsynonymous SNV;nonsynonymous SNV

我想在“;”之后删除文字在第6列和第9列中。输出应如下所示：

chr1    899766  899766  G   T   exonic  KLHL17  .   nonsynonymous SNV

有人可以给出一个linux命令来解决这个问题。它应该删除“;”之后的所有内容仅在指定的列中。

Answer 1

您可以使用以下sed命令：

sed 's/;[^\t]\+//g' your-log-file > new-file-name

这意味着＆＃34;删除分号后的所有内容，直至（但不包括）下一个标签＆＃34;。输出将转到new-file-name。如果要在就地编辑your-log-file（一旦确定命令按照您希望的方式工作，您可以执行以下操作：

sed -i 's/;[^\t]\+//g' your-log-file

你也可以使用awk，虽然我不熟悉那个程序。以下是简要概述：http://www.cyberciti.biz/faq/howto-delete-word-using-sed-under-unix-linux-bsd-appleosx/。