捕获并处理来自R的外部命令的输出

时间:2014-11-02 23:23:00

标签: r io stdout

以这个简单的python脚本为例:

#!/usr/bin/env python3

# /tmp/xxx.py

import time

for i in range(1000):
    print(i)
    time.sleep(1)

它不断输出数字。我可以这样从R调用它:

system2("/tmp/xxx.py", stdin=?)

其中stdin可以设置为NULL,"",TRUE或文件名。但我正在寻找的是一种实时处理这些数字的方法。例如,每当从这个python脚本打印一个数字时,我想将数字乘以Pi,然后将其打印到控制台。有没有办法在R?中做到这一点?

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

不是专家,但我得到了一些工作。

首先,我使用了以下/tmp/xxx.R可执行文件Rscript而不是你的python脚本,因为我发现python正在缓冲它的输出(不是一次打印一行),这使得很难测试:

#!/usr/bin/env Rscript

for (i in 1:5) {
   cat(i, "\n")
   Sys.sleep(1)
}

然后是R代码:

system('mkfifo /tmp/xxx.fifo')
f <- fifo("/tmp/xxx.fifo", 'r')
p <- pipe('/tmp/xxx.R > /tmp/xxx.fifo; echo OVER > /tmp/xxx.fifo', 'w')

while(TRUE) {
   line <- readLines(f, n = 1)
   if (length(line) > 0) {
      if (line == "OVER") break
      cat(pi * as.numeric(line), "\n")
   }
   Sys.sleep(0.1)
}
close(f)
close(p)

其中一些灵感来自于此:https://stackoverflow.com/a/5561188/1201032

希望它能回答你的问题。