Question

在使用数据框表时，我还没有找到一种方法在R中的SOME列中取平均值。基本上，我想取3个控件的平均值（CTR_R1 + CTR_R2 + CTR_R3）并在CTR_R3之后插入该值作为另一个列（见下文）。 TRT也是如此。是否需要取平均值并将其插入特定位置？

GeneID|CTR_R1|CTR_R2|CTR_R3|CTR_AVG|TRT_R1| TRT_R2| TRT_R3|TRT_AVG|pValue

Answer 1

即使有许多CTR或TRT列（即100个），以下代码也应该有效。但是，我猜@ beginneR的解决方案更快。

indx <- grep("^CTR", colnames(df1), value=TRUE)
indxT <- grep("^TRT", colnames(df1), value=TRUE)
df1[,c('CTR_Avg', 'TRT_Avg')] <- lapply(list(indx, indxT), 
                    function(x) Reduce(`+`, df1[,x])/length(x))

或者您可以在上面的步骤中使用rowMeans。

df2 <- df1[,c('GeneID', indx, 'CTR_Avg', indxT, 'TRT_Avg', 'pValue')]

head(df2,2)
#    GeneID CTR_R1 CTR_R2 CTR_R3  CTR_Avg TRT_R1 TRT_R2 TRT_R3 TRT_Avg pValue
#1      1      6      2     10 6.000000     10     11     15      12  0.091
#2      2      5     12      8 8.333333      5      3     13       7  0.051

数据

set.seed(24)
df1 <- as.data.frame(matrix(sample(1:20,20*6, replace=TRUE), ncol=6))
colnames(df1) <- c("CTR_R1", "CTR_R2", "CTR_R3", "TRT_R1", "TRT_R2", "TRT_R3")
df1 <- cbind(GeneID=1:20, df1, 
            pValue=sample(seq(0.001, 0.10, by=0.01), 20, replace=TRUE))

Answer 2

如果您的data.frame名为df：

，此代码应该适合您

df$CTR_AVG <- ( df$CTR_R1 + df$CTR_R2 + df$CTR_R3 ) / 3

假设CTR_AVG列已经存在，如您在问题中所示。如果没有，代码会将列放在data.frame的末尾。要将其移动到正确的位置，您需要按正确的顺序选择列，如下所示：

df[ , c( 'GeneID', 'CTR_R1', 'CTR_R2', 'CTR_R3', 'CTR_AVG', 'TRT_R1', 'TRT_R2', 'TRT_R3','TRT_AVG','pValue' ]

Answer 3

怎么样

df$CTR_AVG <- rowMeans(df[,2:4])
df$TRT_AVG <- rowMeans(df[,6:8])

Answer 4

制作一些虚拟数据

df=data.frame(CTR_R1=1:10,CTR_R2=1:10,CTR_R3=1:10,somethingelse=1:10)

获取新列

df$CTR_AVG=apply(df[c("CTR_R1","CTR_R2","CTR_R3")],1,mean)

Answer 5

非常感谢您的回复。对不起，我没有更好地说出原来的问题。我想问一下如何编写一个脚本来取平均值并将该值放在正确的位置。我的表中没有列出＆＃34; CTR_AVG＆＃34;的列，也没有列＆＃34; TRT_AVG＆＃34;。我想知道我是否可以做得更好而且优雅地＃39;而不是做我在下面做的（这也有效）。

非常感谢。

＃

名称（edgeR_table）

＆＃34; GeneID＆＃34; ＆＃34; CTR_R1＆＃34; ＆＃34; CTR_R2＆＃34; ＆＃34; CTR_R3＆＃34; ＆＃34; TRT_R1＆＃34; ＆＃34; TRT_R2＆＃34; ＆＃34; TRT_R3＆＃34; ＆＃34; logFC＆＃34; ＆＃34; logCPM＆＃34; ＆＃34; LR＆＃34; ＆＃34; p值＆＃34; ＆＃34; FDR＆＃34;

＃

edgeR_table $ CTR_AVG＆lt; - rowMeans（edgeR_table [，2：4]）

edgeR_table $ TRT_AVG＆lt; - rowMeans（edgeR_table [，5：7]）

edgeR_table＆lt; - edgeR_table [，c（1,2,3,4,13,5,6,7,14,8,9,10,11,12）]

R中某些行的平均值

5 个答案:

数据