Question

command.py，将两个配对文件CA01_S1_R1.fastq和CA01_S1_R2.fastq合并在一起。然后，它将结果打印到新目录paired.out中，并将结果文件命名为paired.fastq。完整的命令将读取

command.py -f CA01_S1_R1.fastq -r CA01_S1_R2.fastq -o paired.out

但是，我想在许多文件上执行此命令，然后将所有输出保存到同一目录中。此外，输出需要具有唯一的名称。所以，我也想发送文件2和3，也有效地运行这些命令：

command.py -f CA02_S2_R1.fastq -r CA02_S2_R2.fastq -o paired.out

command.py -f CA03_S3_R1.fastq -r CA03_S3_R2.fastq -o paired.out

但是，即使我有代码在所有样本上循环此命令，该命令仍会覆盖最后一个配对的输出，因为所有输出都保存在文件夹paired.out内，文件名为{{ 1}}。是否有一个我可以编写的简单循环，它将通过命令发送每个文件对，然后输入文件夹并将文件输出从paired.fastq重命名为paired.fastq，然后重复我的所有文件？

我知道我可以使用以下命令通过命令发送多个文件：

CA01_paired.fastq

我想在此循环中添加第二条指令，只需cd进入此文件夹，然后重命名该文件，每次递增1。我不知道如何设置增量变量。我想它看起来像这样：

for f in CA*_S*_R1.fastq; do
# Replace R1 with R2 in the filename and run the command on both files.
command.py -f "$f" -r "${f/R1/R2}" -o paired.ends
done; unset -v f

Answer 1

假设文件已通过blah_R1.fastq和blah_R2.fastq配对：

for f in *_R1.fastq; do
    r=${f/_R1/_R2}
    command.py -f "$f" -r "$r" -o paired.out &&
        mv paired.out/paired.fastq paired.out/"${f%%_*}_paired.fastq"
done

在配对文件上执行命令，然后重命名输出

1 个答案: