将数据帧转换为KEGGGraph

Question

我想将数据框转换为KEGGGraph对象。我的数据框包含两个路径的交集，我想绘制它（下面的代码中的var 16）

retrieveKGML(pathwayid='05014', organism='hsa', destfile='hsa05014')
var12 <- system.file("extdata/hsa00020.xml",package="KEGGgraph")
var13 <- parseKGML2DataFrame(var12, reactions=FALSE)
var14 <- system.file("extdata/hsa05014.xml",package="KEGGgraph")
var15 <- parseKGML2DataFrame(var14, reactions=FALSE)
var16 <- intersect(var13, var15)

Answer 1

看起来您正在寻找使var14位于错误目录中的文件，而您只需加载最近下载的文件：

library(KEGGgraph)
retrieveKGML(pathwayid='05014', organism='hsa', destfile='hsa05014')
var12 <- system.file("extdata/hsa00020.xml",package="KEGGgraph")
var13 <- parseKGML2DataFrame(var12, reactions=FALSE)

var15 <- parseKGML2DataFrame("hsa05014", reactions=FALSE)

此外，我认为您需要merge而不是intersect

var16 <- merge(var13, var15)

然而，这会产生一个data.frame，结果为零，这让我觉得这些序列可能从不重叠。