在Rcpp中包含fortran函数

Question

这最初在我看来是一个简单的任务，但我无法让以下工作。我试图将一个fortran子例程包装到Rcpp调用中，以便在R中使用该函数。目标是将函数合并到一个包中，所以在特定的* .so文件中使用dyn.load（）的想法是不可行的（除非有人可以告诉我如何？）。从阅读类似的帖子，我怀疑在makevars文件中指定标志可以解决问题，但提供的信息非常简洁here，并且真诚地感谢一些澄清。

我已经完成了以下文件，因为我可以遵循文件。

1. 使用Rcpp.package.skeleton
创建包结构
2. 将我的fortran文件（hello.f）放在src目录中
3. 为Rcpp包装器创建了一个基本的cpp文件（hello.cpp）
4. 创建一个R文件以创建一个＆＃39; clean＆＃39;函数调用（即避免用户.Call并允许在.Call之前运行其他内部计算

然而，当我尝试构建我的包（使用RStudio）时，我得到以下错误输出：

==> R CMD INSTALL --no-multiarch --with-keep.source fortran

g++ -shared -o fortran.so RcppExports.o hello.o hello.o rcpp_hello_world.o -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lR
* installing to library ‘/home/.../R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
* installing *source* package ‘fortran’ ...
** libs
hello.o: In function `hello_wrapper':
/home/.../r_code/fortran/src/hello.cpp:16: multiple definition of `hello_wrapper'
hello.o:/home/.../r_code/fortran/src/hello.cpp:16: first defined here
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [fortran.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘fortran’
* removing ‘/home/.../R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/fortran’

Exited with status 1.

我的文件如下：

hello.f

subroutine hello()
    print *, "hello world"
end subroutine hello

hello.h

extern "C"
{
  void hello();
}

HELLO.CPP

#include <R.h>
#include <Rinternals.h>
#include <Rdefines.h>

#include "hello.h"

#ifdef __cplusplus
extern "C"
{
  SEXP hello_wrapper();
}
#endif

SEXP
hello_wrapper ()
{
  hello();
}

wrapper.R

hello_r <- function(){
  .Call("hello_wrapper");
}

Answer 1

我认为，当您使用不同的扩展名包含多个名称文件时，问题就像R不满意一样简单。尝试将hello.f重命名为hello_fortran.f并从那里开始。

Answer 2

我认为如果您删除

，这可能会有效

#ifdef __cplusplus
extern "C"
{
  SEXP hello_wrapper();
}
#endif

一部分。另请参阅Rcpp属性小插图 - 您不需要手动编写wrapper.R。

Answer 3

Rcpp函数和.Fortran不能同时存在。 不要在src/RcppExports.cpp中包含Fortran函数。