加速matlab文件导入

Question

我正在尝试使用R.matlab包加载matlab文件。问题是它会无限期地加载（例如table <- readMat("~/desktop/hg18_with_miR_20080407.mat")。我有来自Broad Institute的基因组文件（hg18_with_miR_20080407.mat）。

您可以在以下网址找到它：

  

http://genepattern.broadinstitute.org/ftp/distribution/genepattern/dev_archive/GISTIC/broad.mit.edu:cancer.software.genepattern.module.analysis/00125/1.1/

我想知道：有没有人尝试过这个包并有类似的问题？

Answer 1

（希望有帮助，但不是真正的答案，尽管评论的格式太多了）

我认为您可能需要使用matlab访问权限将朋友保存为更合理的格式或使用python进行数据处理。它＆＃34;挂起＆＃34;对我来说（OS X 10.9，R 3.1.1）。以下适用于python：

import scipy.io
mat = scipy.io.loadmat("hg18_with_miR_20080407.mat")

（您可以查看并使用rg和cyto' crufty numpy arrays, but they can't be converted to JSON with json.dumps and even jsonpickle.encode coughs up a lung-full of errors (i.e. you won't be able to use rPython`来访问原始对象解决方法我正在寻找），所以没有序列化到文件（并且，我必须相信结果JSON将是丑陋处理）。

您的选择是：

• 让朋友转换它（如前所述）
• 使用python
中的numpy数组生成CSV文件
• 使用matlab