Question

我试图用循环中的数据绘制一些简单的x，y线图。代码将生成数百个这样的图，并且想法是将这些图保存在缩略图大小的图像（类似200 x 200像素，DPI无关紧要）中，并将其与数据一起嵌入Excel文件中。当我通过ggplot2进行绘制时，它看起来非常精细，但是当我想保存它时，我得到的裁剪图像只显示图像的一部分，或者是一个非常狭窄的图形，标签/文本的大小不匹配。如果我将比例设为2，那么它看起来是正确的，但不符合我的标准。

我的数据框看起来像这样。

Drug=c("A","A","A","A","A","A")
Con=c(10,100,1000,10,100,1000)
Treatment=c("Dox","Dox","Dox","Pac","Pac","Pac")
Value=c(-3.8,-4.5,-14.1,4,-4.6,3.5)
mat_tbl=data.frame(Drug,Con,Treatment,Value)

p=ggplot(data=mat_tbl,aes(x=Con,y=Value,colour=Treatment,group=Treatment))+geom_point(size =      4)+geom_line()+labs(title="Drug A",x="Concentration",y="Value") +    scale_y_continuous(limits=c(-25,125),breaks=seq(-25,125,by=25)) + theme_bw()
ggsave(filename = "curve_drug.png",plot=p,width=2,height=2,units="in",scale=1)

有关我需要处理哪些参数的任何建议？

Answer 1

请查看我为此编写的函数，作为ggsave的辅助函数：

plot.save <- function(plot, 
                       width = 800, 
                       height = 500, 
                       text.factor = 1, 
                       filename = paste0(
                                    format(
                                      Sys.time(), 
                                      format = '%Y%m%d-%H%M%S'), '-Rplot.png'
                                    )
                                  ) {

    dpi <- text.factor * 100
    width.calc <- width / dpi
    height.calc <- height / dpi

    ggsave(filename = filename,
                 dpi = dpi,
                 width = width.calc,
                 height = height.calc,
                 units = 'in',
                 plot = plot)
}

如您所见，DPI只不过是R中情节的文本因素。

考虑一下：

plot.save(some_ggplot, width = 400, height = 400, text.factor = 1)

这（将text.factor从1更改为0.5）：

plot.save(some_ggplot, width = 400, height = 400, text.factor = 0.5)

两张图片都是400 x 400像素，就像我在函数中设置的一样。

也许有趣：plot.save的第一个参数是实际的ggplot。所以现在我做了以下可能（使用dplyr包），我经常使用它：

ggplot(...) %>%
  plot.save(200, 200) # here I've set width and height in pixels

R ggsave保存缩略图大小（200 x 200），缩放图像

1 个答案: