Question

我有一个相对简单的函数从sqlite数据库中提取一些数据：

library(RSQLite)
db.select <- function(table="mydata", vars, rows=c()) {
  vars <- paste(unlist(vars), collapse=", ")
  q <- paste("SELECT ", vars, " FROM ", table, sep="")

  if (length(rows) > 0) {
    rows <- paste(as.character(rows), collapse=", ")
    q <- paste(q, " WHERE row in (", rows, ")", sep="")
 }

  con <- DBI::dbConnect(RSQLite::SQLite(), "/abs/path/to.db")
  res <- DBI::dbSendQuery(con, q)
  data <- DBI::dbFetch(res)
  DBI::dbClearResult(res)
  DBI::dbDisconnect(con)
  data
}

当我在R（或RStudio）中运行此代码时，这对我来说非常好：

> db.select(vars = c("gc_content"), rows=c(1:5))
   gc_content
1       44.30
2       41.22
3       48.51
4       60.83
5       45.21

但是，我没有成功，使用此函数通过opencpu检索任何数据：

$ curl http://localhost/ocpu/user/bertjan/library/RParcoords/R/db.select/json -H "Content-Type: application/json" -d '{"vars":["gc_content"]}'
RS-DBI driver: (could not connect to dbname:
unable to open database file
)

In call:
sqliteNewConnection(drv, ...)

我已经仔细检查过该文件是否存在，检查其权限，为所有人设置读/写权限，但根本没有运气。任何意见都将不胜感激。

编辑1： 尝试@Jeroen建议的更改到apparmor配置无济于事。虽然将以下行添加到自定义文件中有什么帮助：

/full/path/to/db rw,

但是，我现在得到的错误只能帮助我做错了：

RS-DBI驱动程序:(语句错误：数据库已锁定）

致电： sqliteExecStatement（conn，statement，...）

这很奇怪，因为当我在RStudio中执行完全相同的代码（使用相同的数据库文件）时，我没有收到此错误。

编辑2：正如Hadley Wickham（https://twitter.com/hadleywickham/status/526739851974955008）所提议的那样，我使用dbGetQuery简化了函数：

db.select <- function(table="mydata", vars, rows=c()) {
  vars <- paste(unlist(vars), collapse=", ")
  q <- paste("SELECT ", vars, " FROM ", table, sep="")

  if (length(rows) > 0) {
    rows <- paste(as.character(rows), collapse=", ")
    q <- paste(q, " WHERE row in (", rows, ")", sep="")
  }

  con <- DBI::dbConnect(RSQLite::SQLite(), "/home/bertjan/cstr.db")
  data <- DBI::dbGetQuery(con, q)
  DBI::dbDisconnect(con)
  data
}

但是，无效，因为我得到完全相同的行为（在R studio中工作，在发出curl命令时给出数据库锁定消息）。

编辑3：实际上它似乎仍然是AppArmor问题。我明白了：

Oct 27 15:50:52 Stef kernel: [899068.612784] type=1400 audit(1414421452.965:232): apparmor="DENIED" operation="file_lock" profile="opencpu-exec" name="/path/to/db" pid=9708 comm="apache2" requested_mask="k" denied_mask="k" fsuid=33 ouid=1000

解决方案：终于找到了。最终它似乎是一个纯粹的AppArmor问题。我不得不改变：

/full/path/to/db rw,

到

/full/path/to/db rwk,

（注意k）以便允许文件锁定。

Answer 1

这可能是一项安全限制。见this post on the mailing list。另请参阅the pdf manual的第3.5节。要进行调试，请查看：

tail -f /var/log/kern.log

当您尝试使用您的应用程序时。。我想添加

#include <abstractions/mysql>

/etc/apparmor.d/opencpu/custom个人资料可以解决问题。

无法使用opencpu从sqlite数据库获取结果

1 个答案: