我正在尝试使用R graphite package对某些RNA-Seq数据进行一些浓缩分析。
特别是我使用 SPIA函数，如报告的示例所示！
使用人类数据它工作正常，但当我为小鼠（或其他物种）充实时，结果总是空的！
我认为该软件包仅针对人类途径开发，但文章中没有提及。
我试图联系开发团队，但没有得到答案......其他人对这个软件包有所了解吗？
谢谢！
我在这里报告一些代码：
prepareSPIA(db = pathway.db, pathwaySetName = pathsetname)
p <- runSPIA(de=fc.vector, all=all.genes.names, pathwaySetName = pathsetname)
其中 pathway.db 是“kegg”， pathsetname 是用户定义的字符串， fc.vector 是日志折叠更改的向量和 all.genes.names 是基因群体的列表。