Question

我正在使用JDBC和mySQL java connector访问公共mySQL数据库。 exonCount是int（10），exonStarts和exonEnds是 longblob 字段。

javaaddpath('mysql-connector-java-5.1.12-bin.jar')
host = 'genome-mysql.cse.ucsc.edu';
user = 'genome';
password = '';
dbName = 'hg18'; 
jdbcString = sprintf('jdbc:mysql://%s/%s', host, dbName);
jdbcDriver = 'com.mysql.jdbc.Driver';
dbConn = database(dbName, user , password, jdbcDriver, jdbcString);
gene.Symb = 'CDKN2B';
% Check to make sure that we successfully connected
if isconnection(dbConn)
    qry = sprintf('SELECT exonCount, exonStarts, exonEnds FROM refFlat WHERE geneName=''%s''',gene.Symb);
    result = get(fetch(exec(dbConn, qry)), 'Data');
    fprintf('Connection failed: %s\n', dbConn.Message);
end

结果如下：

result = 
    [2]    [18x1 int8]    [18x1 int8]
    [2]    [18x1 int8]    [18x1 int8]

result{1,2}'
ans =
   50   49   57   57   50   57   48   49   44   50   49   57   57   56   54   55   51   44

这是错误的。第2列和第3列中的向量长度应与第1列中的数字匹配。

例如，第一个blob应为[21992901; 21998673]。我怎么能转换它？

更新

提交此问题后，我认为它可能是字符串的十六进制表示。并且确认：

>> char(result{1,2}')
ans =
21992901,21998673,

所以现在我需要将所有blob十六进制数据转换为数字向量。仍在考虑以矢量化的方式进行，因为行数可能很大。

Answer 1

除了result中的第一列数据外，这会将您的角色数据转换为数字向量，将结果放回相应的单元格中：

result(:,2:end) = cellfun(@(x) str2num(char(x'))',...  %# Apply fcn to each cell
                          result(:,2:end),...          %# Input cells
                          'UniformOutput',false);      %# Output as a cell array

Answer 2

我建议使用textscan

exons = cellfun(@(x) textscan(char(x'),'%d','Delimiter',','),...
result(:,2:end),'UniformOutput',false);

要获取这两个数字中的每一个的单元格数组，您可以将格式字符串替换为%d,%d并删除Delimiter选项。

Answer 3

以下是我的工作：

function res = blob2num(x)
res = str2double(regexp(char(x'),'[^,]+','match')');

然后

exons = cellfun(@blob2num,result(:,2:3)','UniformOutput',0)
exons = 
    [2x1 double]    [2x1 double]
    [2x1 double]    [2x1 double]

有更好的解决方案吗？可能在检索数据的步骤？

使用MATLAB从mySQL数据库中检索blob字段

3 个答案: