Question

我在如何使用嵌入在类中的函数在python中实现代码时遇到了困难。在编写代码之后，大多数示例都在线结束，但是没有向您展示（可能因为它太简单了）如何在输入示例文件“testfile.txt”上运行它。所以假设下面的代码是正确的（如果有效等等对我来说无关紧要），我将如何运行它并在“testfile.txt”上检索标题和序列变量？

这是从以下代码借来的代码： https://www.biostars.org/p/710/

class Dna:
    ''' Object representing a FASTA record. '''
    def __init__(self, header, sequence):
        self.head = header
        self.seq = sequence
    def __repr__(self):
        return '[HTML]' % (self.head)
    def __str__(self, separator=''):
        return '>%s\n%s' % (self.head, separator.join(self.seq))
    def __len__(self):
        return len(''.join(self.seq))
    @property
    def sequence(self, separator=''):
        return separator.join(self.seq)

class Fasta:
    ''' A FASTA iterator/generates DNA objects. '''
    def __init__(self, handle):
        self.handle = handle
    def __repr__(self):
        return '[HTML]' % handle
    def __iter__(self):
        header, sequence = '', []
        for line in self.handle:
            if line[0] == '>':
                if sequence: yield Dna(header, sequence)
                header = line[1:-1]
                sequence = []
            else:
                sequence.append(line.strip())
        yield Dna(header, sequence)

Answer 1

Fasta实例采用文件对象：

with open('testfile.txt') as infh:
    fasta = Fasta(infh)
    for dna in fasta:
        print(dna.head)
        print(dna.sequence)

它实际上在帖子中告诉你：

您执行fasta = Fasta(handle)然后for record in fasta以生成Dna对象

非常基本的python面向对象编程：如何实现一个嵌入了函数的类？

1 个答案: