Question

当我尝试在glm.mids插补对象的子集上运行mids时出现错误：

library(mice)
imp2 = mice(nhanes)
glm.mids( (hyp==2)~bmi+chl, data=imp2, subset=(age==1) )

给出了神秘的错误消息

"Error in eval(expr, envir, enclos) :
..1 used in an incorrect context, no ... to look in"

即使语法适用于原始数据集上的常规glm：

glm( (hyp==2)~bmi+chl, data=nhanes, subset=(age==1) )

文档?glm.mids并未专门针对subset，但表示您可以将其他参数传递到glm。如果我无法将subset与glm.mids一起使用，是否可以直接对mids列表对象进行子集化？

Answer 1

我冒昧改写glm.mids。这有点笨拙。这个问题似乎源于将属性传递给glm的隐含性质。

也看到这些帖子：

https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2003-November/041537.html

http://r.789695.n4.nabble.com/Question-on-passing-the-subset-argument-to-an-lm-wrapper-td3009725.html

library(mice)

glm.mids=function (formula, family = gaussian, data, ...) 
{
  call <- match.call()
  if (!is.mids(data)) 
    stop("The data must have class mids")
  analyses <- as.list(1:data$m)
  for (i in 1:data$m) {
    data.i <- complete(data, i)
    analyses[[i]] <- do.call("glm",list(formula=quote(formula),family=quote(family),data=quote(data.i),...))
  }
  object <- list(call = call, call1 = data$call, nmis = data$nmis, 
                 analyses = analyses)
  oldClass(object) <- c("mira", "glm", "lm")
 return(object)
}

imp2 = mice(nhanes)
glm.mids( (hyp==2)~bmi+chl, data=imp2 ,subset=quote(age==1))

我重写的唯一部分是glm.mids analyses[[i]] <- do.call("glm",list(formula=quote(formula),family=quote(family),data=quote(data.i),...))中的glm函数调用

在旧版本中，它会显示analyses[[i]] <- glm(formula, family = family, data = data.i,...)

Answer 2

解决方案是使用

with(data=imp2, exp=glm((hyp==2)~bmi+chl, family=binomial , subset=(age==1) ))

（我认为）您的问题中的问题是在...函数中使用glm.mids。它们在函数参数中用于允许“传递给glm的附加参数”。但是，当...传递给glm函数中的glm.mids调用时，它们不会以这种方式处理。在?glm中，...是“对于glm：如果不直接提供，则用于形成默认控制参数的参数。”。所以其他参数不起作用。

要看到这一点，请简化功能

f1 <- function (formula, family = binomial, data, ...) 
{
 glm(formula, family = family, data = data, ...)
  }

f1(formula=((hyp==2)~bmi+chl), data=nhanes, subset=(age==2)) 
#Error in eval(expr, envir, enclos) : 
#  ..1 used in an incorrect context, no ... to look in

因此子集参数不会传递给glm函数调用

使用R : Pass argument to glm inside an R function的答案，我们可以略微改变功能

f2 <- function (formula, family = binomial, data, ...) 
{
  eval(substitute(glm(formula, family = family, data = data, ...)))
}

# This now runs
f2(formula=((hyp==2)~bmi+chl), data=nhanes, subset=(age==2))

# check
glm((hyp==2)~bmi+chl, data=nhanes, family="binomial", subset=(age==2))

使用substitute将替换函数环境中的参数（这需要更多详细信息 - 请随时更新）

对来自小鼠（R）的插补数据子集运行glm.mids

2 个答案: