我正在遵循教程(或显示的here测试代码,我的树看起来与文档中显示的方式完全不同。我的树缺少任何类型的信息,例如节点标签,距离分数我查看了Phylo wiki,但它看起来不完整。我真的希望节点标有相应的名称(来自phyloxml文件)以及分支长度。我发布了一个链接我的phyloxml文件如下。任何帮助将不胜感激。
PhyloXML文件:http://pastie.org/9661690
这就是我的图表现在的样子:
代码:
import pylab
from Bio import Phylo
tree = Phylo.read('allseqs.dnd', 'newick')
tree.rooted=True
Phylo.draw_graphviz(tree, ,prog = 'neato', node_size =500)
pylab.show()