Question

这是我写的脚本。

两个问题。

首先，我们需要打印形成XML hit_id，hit_len和hit_def的blast结果。前两个很容易。但是hit.def与def相同。如何避免呢？

其次，我们需要在linux上运行该程序。该程序应该接受两个序列，一个是蛋白质，一个是核酸，使用可选参数。但我无法实现这个功能。

时应该有效

$ python my_program.py protein.fa tem.txt prot

最后一个是参数选项。我不知道为什么python在我写作时不接受它

f=sys.argv[3]
f1=str(sys.argv[3])
if f1 is 'prot':
    function(filename,protflag=True)

Python总是选择＆＃39;否则＆＃39;

# IMPORT
import sys
import subprocess
################################################################################
# FUNCTIONS
#execute BLAST, vailable type are protein and nuclien

    def run_blast(filename,protflag=True):
    """execute BLAST, vailable type are prot or na"""
        if protflag:
            subprocess.call(['blastp','-query','filename','-db','nr','-outfmt','5','-out','prot.xml'])
        else :
            subprocess.call(['blastn','-query','filename','-db','nt','-outfmt','5','-out','na.xml'])



    def read_XML(filename):
        """return hit_id length hit_def"""
        from Bio.Blast import NCBIXML
        name=str(filename)
        record=NCBIXML.read(open(name))
        for i in range(0,len(record.alignments)):
            hit=record.alignments[i]
            print 'hit_id'+hit.id+'\n'+'length'+hit.len+'\n'+'hit_def'+hit.def+'\n'#here is the problem .def


################################################################################
# MAIN


# write a function for the "main method"


    def main(filename=sys.argv[1],protflag=True):
        """excuate BLAST with file then return the hit_id, length and hit_def"""
        f=sys.argv[3]
        f1=str(f)
        if f is 'prot':
            run_blast(filename,True)
            read_XML("prot.xml")
        elif f is 'na':
            run_blast(filename,False)
            read_XML("prot.xml")
        else:
            print 'only prot and na available'


    if __name__ == '__main__':
        # defaults to reading the system, see above :)
        main()

Answer 1

＆＃34; else＆＃34;总是选择子句，因为你正在使用＆＃34;是＆＃34;而不是＆＃34; ==＆＃34;检查sys.argv [3]的值。

来自Is there a difference between `==` and `is` in Python?：

如果两个变量指向同一个对象，
将返回True，如果变量引用的对象相等，则返回=。

你应该使用

if f1 == 'prot':

BLAST使用python subprocess.call关于alignment.def并且不知道出了什么问题

1 个答案: