Question

我在使用ggbio的circle（）函数方面有一个非常具体的例子。

使用基因组范围包我已经制作了一个信心数据集

gr <- GRanges(seqnames = 
    c("scaffold_13117","scaffold_6016","scaffold_13335"),
    ranges = IRanges(
        start = rep(1,3),
        end = c(5790199,5827,3335858),
    ),
    strand = rep("*",3),
    n = c("red","blue","red")
)

可以使用ggbio绘制圆形图，例如

p <- ggbio() + circle(gr, geom = "ideo")

但是我想通过＆＃39; n＆＃39;元数据部分的列。具体来说，对于scaffold_13117和scaffold_13335，它应该是红色的，而对于scaffold_6016，它应该是蓝色。我想知道如何做到这一点？

Answer 1

你可以试试这个（注意我也改变了“scaffold_6016”的大小，这样可以更好地看到蓝色）：

gr <- GRanges(seqnames = 
    c("scaffold_13117","scaffold_6016","scaffold_13335"),
    ranges = IRanges(
        start = rep(1,3),
        end = c(5790199,5000000,3335858),
    ),
    strand = rep("*",3),
    n = c("red","blue","red")
)

mycolours<-c("red","blue")
names(mycolours)<-mycolours

p<-ggbio() + circle(gr,geom="rect",aes(fill=n))+scale_fill_manual(values=mycolours,guide="none")
print(p)

使用R ggbio圆函数为每条染色体着色，使其具有不同的颜色

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