使用Rgraphviz不能在简单的图表中保持线条交叉

Question

所以刚从Rgraphviz开始，出于某种原因，它在我真正简单的图表上划线。

A = matrix(c(0,0,0,0,1,
         1,0,0,0,0,
         1,0,0,0,0,
         1,0,0,0,0,
         0,1,1,1,0),
       ncol=5, byrow=TRUE)
rownames(A)=c(1,2,3,4,5)
colnames(A)=c(1,2,3,4,5)

library(Rgraphviz)
am.graph<-new("graphAM", adjMat=A, edgemode="directed")
am.graph
plot(am.graph, attrs = list(node = list(fillcolor = "lightblue"),
                            edge = list(arrowsize=0.5)))

感谢任何帮助

Answer 1

RGraphiviz提供了许多布局算法，请参阅？GraphvizLayouts。在您的示例中使用的默认值是“点”算法，它提供了分层布局。其中一个替代方案“twopi”将其中一个节点作为根，并将剩余节点排列在围绕此根的一系列同心圆中。这里可以使用第二种算法来避免图中的交叉线。

默认情况下，“twopi”使用节点1作为根：

plot(am.graph, "twopi", 
     attrs = list(node = list(fillcolor = "lightblue"),
         edge = list(arrowsize=0.5)))

但是，我们可以通过属性更改它（参见？GraphvizAttributes）以将节点2设置为根：

plot(am.graph, "twopi",
 attrs = list(graph = list(root = 2),
     node = list(fillcolor = "lightblue"),
     edge = list(arrowsize=0.5)))

这可能会使布局更接近您的期望：